Yves Clément
@yvesclement.bsky.social
Assistant Prof @ U-Paris-Cité | Institut Jacques Monod
Molecular evolution and bioinformatics (and some other things, too)
Molecular evolution and bioinformatics (and some other things, too)
Reposted by Yves Clément
Rapport de l'#IGESR de cette année sur les heures d'enseignement à l'université. #ESR
www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/sites/defaul...
www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/sites/defaul...
www.enseignementsup-recherche.gouv.fr
November 10, 2025 at 5:52 PM
Rapport de l'#IGESR de cette année sur les heures d'enseignement à l'université. #ESR
www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/sites/defaul...
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Je suis d'accord avec France Universités : « l’annulation du colloque scientifique porte atteinte à la liberté académique ».
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
France Universités exprime sa vive inquiétude après l’annulation d’un colloque scientifique au Collège de France.
franceuniversites.fr/actualite/fr...
#LibertéAcadémique
franceuniversites.fr/actualite/fr...
#LibertéAcadémique
November 10, 2025 at 4:24 PM
Je suis d'accord avec France Universités : « l’annulation du colloque scientifique porte atteinte à la liberté académique ».
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
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The definitive obituary of James Watson, written by the late, great Sharon Begley @statnews.com www.statnews.com/2025/11/07/j...
James Watson, dead at 97, was a scientific legend and a pariah among his peers
James Watson, the co-discoverer of the structure of DNA who died Thursday at 97, was a scientific legend and a pariah among his peers.
www.statnews.com
November 10, 2025 at 5:51 PM
The definitive obituary of James Watson, written by the late, great Sharon Begley @statnews.com www.statnews.com/2025/11/07/j...
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I think I understand how it can be that LLMs are both exceptionally good and quite terrible at programming. It's because there are two entirely different skillsets that we both call "good at programming." LLMs have only one of them.
blog.genesmindsmachines.com/p/llms-excel...
blog.genesmindsmachines.com/p/llms-excel...
LLMs excel at programming—how can they be so bad at it?
My explanation for the mystery of why LLMs can be both exceptionally good and quite terrible at programming.
blog.genesmindsmachines.com
November 6, 2025 at 3:43 PM
I think I understand how it can be that LLMs are both exceptionally good and quite terrible at programming. It's because there are two entirely different skillsets that we both call "good at programming." LLMs have only one of them.
blog.genesmindsmachines.com/p/llms-excel...
blog.genesmindsmachines.com/p/llms-excel...
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side::kick() is model-agnostic. When you first launch the app, a setup flow will detect whether any common providers are already configured to help you get started.
#rstats
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November 7, 2025 at 12:48 PM
side::kick() is model-agnostic. When you first launch the app, a setup flow will detect whether any common providers are already configured to help you get started.
#rstats
#rstats
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We are excited to welcome @fueyoraquel.bsky.social, @sedonamurphy.bsky.social, and @jmstein.bsky.social as new group leaders at our institute!
Read more about their work:
--> www.molgen.mpg.de/2025-10-31-n...
All three are recruiting in the IMPRS PhD Call!
--> www.molgen.mpg.de/IMPRSPhDproj...
Read more about their work:
--> www.molgen.mpg.de/2025-10-31-n...
All three are recruiting in the IMPRS PhD Call!
--> www.molgen.mpg.de/IMPRSPhDproj...
Three new research groups joining the MPIMG
www.molgen.mpg.de
November 6, 2025 at 4:00 PM
We are excited to welcome @fueyoraquel.bsky.social, @sedonamurphy.bsky.social, and @jmstein.bsky.social as new group leaders at our institute!
Read more about their work:
--> www.molgen.mpg.de/2025-10-31-n...
All three are recruiting in the IMPRS PhD Call!
--> www.molgen.mpg.de/IMPRSPhDproj...
Read more about their work:
--> www.molgen.mpg.de/2025-10-31-n...
All three are recruiting in the IMPRS PhD Call!
--> www.molgen.mpg.de/IMPRSPhDproj...
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Excited to launch an openRxiv partnership with the scientist-run AI review service qed (@qedscience.bsky.social), the brainchild of @odedrechavi.bsky.social 1/n
openrxiv.org/enabling-rev...
openrxiv.org/enabling-rev...
Enabling options for review: from training and transparency to author-centered AI tools - openRxiv
Peer review is widely viewed as a critical aspect of biomedical communication. Ideally, it provides authors with feedback so they can improve manuscripts and gives readers, particularly nonspecialists...
openrxiv.org
November 6, 2025 at 2:32 PM
Excited to launch an openRxiv partnership with the scientist-run AI review service qed (@qedscience.bsky.social), the brainchild of @odedrechavi.bsky.social 1/n
openrxiv.org/enabling-rev...
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The DeNoFo format & toolkit for annotating, assessing and comparing the tools and tresholds used in studies of de novo evolved genes is out now in Bioinformatics! Great effort led by @drdomain.bsky.social and Anna Grandchamp!
academic.oup.com/bioinformati...
academic.oup.com/bioinformati...
November 3, 2025 at 7:47 PM
The DeNoFo format & toolkit for annotating, assessing and comparing the tools and tresholds used in studies of de novo evolved genes is out now in Bioinformatics! Great effort led by @drdomain.bsky.social and Anna Grandchamp!
academic.oup.com/bioinformati...
academic.oup.com/bioinformati...
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Having a lot of fun at #EMBOMobileGenome 😃
Perfect timing for our paper from the lab of @toddmacfarlan.bsky.social to be out @natcomms.nature.com!!
…and I’m currently on the job market looking for a new scientific home!
www.nature.com/articles/s41...
Perfect timing for our paper from the lab of @toddmacfarlan.bsky.social to be out @natcomms.nature.com!!
…and I’m currently on the job market looking for a new scientific home!
www.nature.com/articles/s41...
Young KRAB-zinc finger gene clusters are highly dynamic incubators of ERV-driven genetic heterogeneity in mice - Nature Communications
KRAB-zinc finger proteins repress retrotransposons and rapidly evolve in mammals. Here, the authors show that ERV insertions drive the emergence and diversification of new KZFP genes in mice, revealin...
www.nature.com
November 6, 2025 at 9:40 AM
Having a lot of fun at #EMBOMobileGenome 😃
Perfect timing for our paper from the lab of @toddmacfarlan.bsky.social to be out @natcomms.nature.com!!
…and I’m currently on the job market looking for a new scientific home!
www.nature.com/articles/s41...
Perfect timing for our paper from the lab of @toddmacfarlan.bsky.social to be out @natcomms.nature.com!!
…and I’m currently on the job market looking for a new scientific home!
www.nature.com/articles/s41...
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#RésultatScientifique 🔎
Une étude publiée dans Nature révèle que chez les fourmis moissonneuses Messor ibericus, les femelles peuvent produire des individus de deux espèces différentes pour assurer leur survie.
➡️ www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
Une étude publiée dans Nature révèle que chez les fourmis moissonneuses Messor ibericus, les femelles peuvent produire des individus de deux espèces différentes pour assurer leur survie.
➡️ www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
November 6, 2025 at 10:42 AM
#RésultatScientifique 🔎
Une étude publiée dans Nature révèle que chez les fourmis moissonneuses Messor ibericus, les femelles peuvent produire des individus de deux espèces différentes pour assurer leur survie.
➡️ www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
Une étude publiée dans Nature révèle que chez les fourmis moissonneuses Messor ibericus, les femelles peuvent produire des individus de deux espèces différentes pour assurer leur survie.
➡️ www.inee.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
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🧬 Want to study the clonal evolution of tumors for your PhD? Apply by January 7, 2026 for a PhD position in the lab of Katharina Jahn @freieuniversitaet.bsky.social & #IMPRS-BAC #gradschool! Strong computational background needed.
👉 www.molgen.mpg.de/5100414/jahn...
👉 www.molgen.mpg.de/5100414/jahn...
November 6, 2025 at 10:12 AM
🧬 Want to study the clonal evolution of tumors for your PhD? Apply by January 7, 2026 for a PhD position in the lab of Katharina Jahn @freieuniversitaet.bsky.social & #IMPRS-BAC #gradschool! Strong computational background needed.
👉 www.molgen.mpg.de/5100414/jahn...
👉 www.molgen.mpg.de/5100414/jahn...
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As new human assemblies become available on beta.ensembl.org - which human reference genome will you choose? This article explores the question with insights from Ensembl’s own Fergal Martin - www.nature.com/articles/s41...
#HumanGenomics #Pangenomes #ReferenceGenomes
#HumanGenomics #Pangenomes #ReferenceGenomes
Choose your human genome reference wisely - Nature Methods
Scientists can choose between multiple human genome references, and a pangenome reference is coming. Deciding what to use when is not quite straightforward.
www.nature.com
November 4, 2025 at 12:28 PM
As new human assemblies become available on beta.ensembl.org - which human reference genome will you choose? This article explores the question with insights from Ensembl’s own Fergal Martin - www.nature.com/articles/s41...
#HumanGenomics #Pangenomes #ReferenceGenomes
#HumanGenomics #Pangenomes #ReferenceGenomes
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Voici pour écouter l'émission de ce matin "Comment donner le goût des mathématiques ?" dans le débat de la Grande Matinale sur France Inter, avec Cédric Villani et moi-même
www.radiofrance.fr/franceinter/...
www.radiofrance.fr/franceinter/...
Comment donner le goût des mathématiques ?
Avec Viviane Pons, maîtresse de conférences en informatique à l'université de Paris-Saclay et Cédric Villani, mathématicien, ex-député, enseignant-chercheur à l’université Claude Bernard Lyon 1 et à l...
www.radiofrance.fr
November 5, 2025 at 11:03 AM
Voici pour écouter l'émission de ce matin "Comment donner le goût des mathématiques ?" dans le débat de la Grande Matinale sur France Inter, avec Cédric Villani et moi-même
www.radiofrance.fr/franceinter/...
www.radiofrance.fr/franceinter/...
Reposted by Yves Clément
November 5, 2025 at 10:21 AM
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Hi Folks !
Just a few more days to register for the POPGROUP meeting (deadline = this Monday 10/11/2025).
Join us in the beautiful city of #Lille just across the Channel for three exciting days of science and more !
www.hautsdefrancetourism.com/destinations...
--> populationgeneticsgroup.org.uk
Just a few more days to register for the POPGROUP meeting (deadline = this Monday 10/11/2025).
Join us in the beautiful city of #Lille just across the Channel for three exciting days of science and more !
www.hautsdefrancetourism.com/destinations...
--> populationgeneticsgroup.org.uk
November 5, 2025 at 9:15 AM
Hi Folks !
Just a few more days to register for the POPGROUP meeting (deadline = this Monday 10/11/2025).
Join us in the beautiful city of #Lille just across the Channel for three exciting days of science and more !
www.hautsdefrancetourism.com/destinations...
--> populationgeneticsgroup.org.uk
Just a few more days to register for the POPGROUP meeting (deadline = this Monday 10/11/2025).
Join us in the beautiful city of #Lille just across the Channel for three exciting days of science and more !
www.hautsdefrancetourism.com/destinations...
--> populationgeneticsgroup.org.uk
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With @aconga.bsky.social we wrote a short Dispatch to highlight two awesome companion papers in @currentbiology.bsky.social by @jeffgroh.bsky.social, @gcbias.bsky.social and by Liu et al. on how the control of heterodichogamy is going nuts in the Juglandaceae :
www.cell.com/current-biol...
www.cell.com/current-biol...
November 5, 2025 at 8:00 AM
With @aconga.bsky.social we wrote a short Dispatch to highlight two awesome companion papers in @currentbiology.bsky.social by @jeffgroh.bsky.social, @gcbias.bsky.social and by Liu et al. on how the control of heterodichogamy is going nuts in the Juglandaceae :
www.cell.com/current-biol...
www.cell.com/current-biol...
+1
Le bon fonctionnement de ces outils dépend tellement de perles
Le bon fonctionnement de ces outils dépend tellement de perles
C'est aussi dépend du fait qu'à la DSI sur ce poste il y a un gars qui assure bien, connait à fond la mécanique, est stable dans son job, upgrade lui-même en continu. On est très dépendant des perles (pas si fréquentes)
November 4, 2025 at 6:10 PM
+1
Le bon fonctionnement de ces outils dépend tellement de perles
Le bon fonctionnement de ces outils dépend tellement de perles
L'excellence à la française : pas moyen d'avoir une liste à jour, exhaustive et facile d'accès des dernier.e.s lauréat.e.s de différents prix scientifiques sur le site de l'institution qui les distribue.
a woman in a floral shirt says a little more information please on netflix
ALT: a woman in a floral shirt says a little more information please on netflix
media.tenor.com
November 4, 2025 at 2:34 PM
L'excellence à la française : pas moyen d'avoir une liste à jour, exhaustive et facile d'accès des dernier.e.s lauréat.e.s de différents prix scientifiques sur le site de l'institution qui les distribue.
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Our new paper maps the tRNA modification landscape in Vibrio cholerae! 💫
We describe differences from E. coli and discuss links to decoding of stress-related codons 🦠
Huge thanks to amazing co-authors and collaborators!
@plos.org #rnasky #microsky #tRNAmodifications
We describe differences from E. coli and discuss links to decoding of stress-related codons 🦠
Huge thanks to amazing co-authors and collaborators!
@plos.org #rnasky #microsky #tRNAmodifications
The tRNA epitranscriptomic landscape and RNA modification enzymes in Vibrio cholerae
Author summary This study charts the first genome-wide map of transfer RNA (tRNA) modifications in the cholera pathogen, Vibrio cholerae, revealing how chemical marks on tRNAs shape translation and st...
journals.plos.org
November 3, 2025 at 11:58 PM
Our new paper maps the tRNA modification landscape in Vibrio cholerae! 💫
We describe differences from E. coli and discuss links to decoding of stress-related codons 🦠
Huge thanks to amazing co-authors and collaborators!
@plos.org #rnasky #microsky #tRNAmodifications
We describe differences from E. coli and discuss links to decoding of stress-related codons 🦠
Huge thanks to amazing co-authors and collaborators!
@plos.org #rnasky #microsky #tRNAmodifications
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The end of an era: the Tree of Life Web Project is going dark after 3 decades. Anyone interested in communicating phylogeny online should read David's account of goals, history, and future. @bembidion.bsky.social
subulatepalpomere.com/2025/11/02/t...
subulatepalpomere.com/2025/11/02/t...
The Passing of the Tree of Life Web Project
The Tree of Life Web Project began its journey almost 40 years ago, and was formally announced in early 1996. It has served thousands of pages of information about the evolutionary tree of life and…
subulatepalpomere.com
November 3, 2025 at 3:54 PM
The end of an era: the Tree of Life Web Project is going dark after 3 decades. Anyone interested in communicating phylogeny online should read David's account of goals, history, and future. @bembidion.bsky.social
subulatepalpomere.com/2025/11/02/t...
subulatepalpomere.com/2025/11/02/t...
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Hallucinant. C'est inacceptable. J'ai une ERC, que rétrospectivement j'ai eu la chance de rédiger à l'étranger avec un dispositif bien meilleur que ceux qui sont proposés en France et SURTOUT avec de quoi produire des résultats préliminaires que ce soit en terme de mentiring ou de moyens #esr
Quand notre ministre de tutelle nous insulte devant la représentation nationale. "Bande de nuls" "complètement à la ramasse".
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
October 31, 2025 at 10:29 AM
Hallucinant. C'est inacceptable. J'ai une ERC, que rétrospectivement j'ai eu la chance de rédiger à l'étranger avec un dispositif bien meilleur que ceux qui sont proposés en France et SURTOUT avec de quoi produire des résultats préliminaires que ce soit en terme de mentiring ou de moyens #esr
Les bus de la RATP, les saucisses au début de Snatch, même combat
October 30, 2025 at 5:53 PM
Les bus de la RATP, les saucisses au début de Snatch, même combat
Vous savez de qui il parle
Qui dit urologue dit calculs, qui dit calculs dit mathématiques, qui dit mathématiques dit informatique, qui dit informatique dit IA. Moi ça me paraît cohérent
October 29, 2025 at 11:45 AM
Vous savez de qui il parle