Camille Marchet ⚡
@camillemrcht.bsky.social
Researcher in @BonsaiSeqBioinfo
Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.
Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.
Pinned
‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data
MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.
www.nature.com
Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
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We're having a most fulfilling collaboration across the fields of evolutionary & structural biology with @marclensink.bsky.social and @bonsaiseqbioinfo.bsky.social, and would love to host new colleagues through this national call ! Get in touch if interested
December 18, 2025 at 9:51 PM
We're having a most fulfilling collaboration across the fields of evolutionary & structural biology with @marclensink.bsky.social and @bonsaiseqbioinfo.bsky.social, and would love to host new colleagues through this national call ! Get in touch if interested
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The 2026 CNRS researcher competitions are now open!
>500 positions are available, 100% research (and more if you want/can (teaching, outreach, innovation...)), in a lab, all over France.
gestionoffres.dsi.cnrs.fr/fo/offres/de...
>500 positions are available, 100% research (and more if you want/can (teaching, outreach, innovation...)), in a lab, all over France.
gestionoffres.dsi.cnrs.fr/fo/offres/de...
December 12, 2025 at 5:07 PM
The 2026 CNRS researcher competitions are now open!
>500 positions are available, 100% research (and more if you want/can (teaching, outreach, innovation...)), in a lab, all over France.
gestionoffres.dsi.cnrs.fr/fo/offres/de...
>500 positions are available, 100% research (and more if you want/can (teaching, outreach, innovation...)), in a lab, all over France.
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🧑🏫 "Les professeurs des écoles travaillent plus qu’on le croit : enquête sur les coulisses de l’enseignement"
Un article Léa Chabanel-Kahlik, Docteure en Sciences de l'éducation à l'Université de Lille, pour @france.theconversation.com 👇
theconversation.com/les-professe...
Un article Léa Chabanel-Kahlik, Docteure en Sciences de l'éducation à l'Université de Lille, pour @france.theconversation.com 👇
theconversation.com/les-professe...
Les professeurs des écoles travaillent plus qu’on le croit : enquête sur les coulisses de l’enseignement
En primaire, le temps de travail des enseignants s’élèverait de 45 heures à 48 heures par semaine. En cause, le temps de préparation hors de la classe. Explications.
theconversation.com
December 18, 2025 at 11:50 AM
🧑🏫 "Les professeurs des écoles travaillent plus qu’on le croit : enquête sur les coulisses de l’enseignement"
Un article Léa Chabanel-Kahlik, Docteure en Sciences de l'éducation à l'Université de Lille, pour @france.theconversation.com 👇
theconversation.com/les-professe...
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Transcriptomics in the era of long-read sequencing
#Review by @carolinamonzo.bsky.social, Tianyuan Liu & @anaconesa.bsky.social @conesalab.bsky.social @csic.es
Free to read here: rdcu.be/efBjP
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Transcriptomics in the era of long-read sequencing
Nature Reviews Genetics - Advances in long-read sequencing are driving the implementation of these technologies for transcriptome profiling. The authors provide a comprehensive guide to long-read...
rdcu.be
December 17, 2025 at 12:31 PM
Transcriptomics in the era of long-read sequencing
#Review by @carolinamonzo.bsky.social, Tianyuan Liu & @anaconesa.bsky.social @conesalab.bsky.social @csic.es
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Trump profite du ras-le-bol lié à la surcharge de travail de reviewing pour remplacer les évaluations scientifiques des demandes de financement par des avis bureaucratiques (à sa botte).
(Ça sera tenté ici aussi en prétextant une simplification)
www.science.org/content/arti...
(Ça sera tenté ici aussi en prétextant une simplification)
www.science.org/content/arti...
NSF pares down grant-review process, reducing influence of outside scientists
Memo cites overburdened staff, but some say move also aims to elevate White House priorities
www.science.org
December 16, 2025 at 7:35 AM
Trump profite du ras-le-bol lié à la surcharge de travail de reviewing pour remplacer les évaluations scientifiques des demandes de financement par des avis bureaucratiques (à sa botte).
(Ça sera tenté ici aussi en prétextant une simplification)
www.science.org/content/arti...
(Ça sera tenté ici aussi en prétextant une simplification)
www.science.org/content/arti...
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Problème Airbus A320 mon article dans The Conversation
theconversation.com/airbus-dou-v...
Version avant coupes / simplification par le journaliste :
filesender.renater.fr?s=download&t...
theconversation.com/airbus-dou-v...
Version avant coupes / simplification par le journaliste :
filesender.renater.fr?s=download&t...
Airbus : D’où vient la panne qui a conduit l’entreprise à immobiliser des milliers d’avions ?
Les radiations solaires peuvent-elles mettre en danger un avion ? Les mesures de sécurité existantes devraient pourtant prévenir ces incidents.
theconversation.com
December 16, 2025 at 7:52 AM
Problème Airbus A320 mon article dans The Conversation
theconversation.com/airbus-dou-v...
Version avant coupes / simplification par le journaliste :
filesender.renater.fr?s=download&t...
theconversation.com/airbus-dou-v...
Version avant coupes / simplification par le journaliste :
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Preprint Alert!
With @tmthrz.bsky.social and @rayanchikhi.bsky.social we aim to tackle practical unitigs compression!
A thread:
With @tmthrz.bsky.social and @rayanchikhi.bsky.social we aim to tackle practical unitigs compression!
A thread:
Inverted colored de Bruijn Graph for practical kmer sets storage https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.08.692073v1
December 15, 2025 at 3:19 PM
Preprint Alert!
With @tmthrz.bsky.social and @rayanchikhi.bsky.social we aim to tackle practical unitigs compression!
A thread:
With @tmthrz.bsky.social and @rayanchikhi.bsky.social we aim to tackle practical unitigs compression!
A thread:
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We're organising a microbes & deep learning session at SMBE next year -- looking forward to seeing your abstracts!
Organisers
- @bacpop.org | @embl.org
- @aweimann.bsky.social | University of Cambridge
Invited Speaker
- @audeber.bsky.social | Institut Pasteur
- @bacpop.org | @embl.org
- @aweimann.bsky.social | University of Cambridge
Invited Speaker
- @audeber.bsky.social | Institut Pasteur
December 15, 2025 at 11:26 AM
We're organising a microbes & deep learning session at SMBE next year -- looking forward to seeing your abstracts!
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(watching the first episode of pluribus) so you're telling me that if aliens send us a virus our scientists will try to synthesise it? ☠️
December 15, 2025 at 10:09 AM
(watching the first episode of pluribus) so you're telling me that if aliens send us a virus our scientists will try to synthesise it? ☠️
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Our latest preprint on how to best combine multiple samples in lrRNA-seq experiment. Not, trivial as your capacity for detecting known and novel transcripts is affected. We discovered that results depend on data and reconstruction algorithm. @nanoporetech.com @pacbio.bsky.social
tinyurl.com/4pnnbd92
tinyurl.com/4pnnbd92
To join or not to join: handling biological replicates in long-read RNA sequencing data
Long-read RNA sequencing (lrRNA-seq) has revolutionized transcriptomics facilitating the study of alternative splicing and resulting in identification of thousands of novel transcripts. While isoform ...
www.biorxiv.org
December 13, 2025 at 11:12 AM
Our latest preprint on how to best combine multiple samples in lrRNA-seq experiment. Not, trivial as your capacity for detecting known and novel transcripts is affected. We discovered that results depend on data and reconstruction algorithm. @nanoporetech.com @pacbio.bsky.social
tinyurl.com/4pnnbd92
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It's not just social media. Looks like visitors to the US from Europe and other countries that are part of the visa waiver program will have to submit an enormous amount of data about themselves and their families, including DNA, if proposed new rules are accepted
December 12, 2025 at 12:24 PM
It's not just social media. Looks like visitors to the US from Europe and other countries that are part of the visa waiver program will have to submit an enormous amount of data about themselves and their families, including DNA, if proposed new rules are accepted
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Nicolas Sarkozy reçoit le “prix de littérature” de la FIFA https://www.legorafi.fr/2025/12/12/nicolas-sarkozy-recoit-le-prix-de-litterature-de-la-fifa/
Nicolas Sarkozy reçoit le “prix de littérature” de la FIFA
Toute l'information selon des sources contradictoires.
www.legorafi.fr
December 12, 2025 at 4:08 PM
Nicolas Sarkozy reçoit le “prix de littérature” de la FIFA https://www.legorafi.fr/2025/12/12/nicolas-sarkozy-recoit-le-prix-de-litterature-de-la-fifa/
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Leaders at @ukri.org should be seriously looking at the lottery first idea. 68% lower economic costs, increase in diversity of award holders and well received.
www.nature.com/articles/s41...
www.nature.com/articles/s41...
Lottery before peer review is associated with increased female representation and reduced estimated economic cost in a German funding line - Nature Communications
The authors show evidence from a German funding line that a lottery-first approach followed by peer review is accompanied by increased female representation both at the submission stage and among fund...
www.nature.com
December 11, 2025 at 6:39 PM
Minimizer doing k-mers
December 10, 2025 at 11:06 AM
Minimizer doing k-mers
Woah then I'm pretty sure I'll never enter the country under the current regime 🙄 (I already had decided not to go, but even if I wanted to...)
December 10, 2025 at 10:49 AM
Woah then I'm pretty sure I'll never enter the country under the current regime 🙄 (I already had decided not to go, but even if I wanted to...)
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Une étude affirmant que le glyphosate ne présente aucun risque grave pour la santé retirée pour suspicion de conflits d'intérêts, 25 ans après sa publication www.franceinfo.fr/environnemen...
Une étude affirmant que le glyphosate ne présente aucun risque grave pour la santé retirée pour suspicion de conflits d'intérêts
Dans sa note de rétractation, le journal cite toute une série de lacunes "critiques" : omission d'inclure certaines études sur les dangers liés au cancer, non-divulgation de la participation de salari...
https://www.franceinfo.fr/environnement/transition-ecologique-de-l-agriculture/pesticides/glyphosate/une-etude-affirmant-que-le-glyphosate-ne-presente-aucun-risque-grave-pour-la-sante-retiree-pour-suspicion-de-conflits-d-interets_7663813.html#xtor=CS2-765-[autres]-
December 7, 2025 at 9:38 AM
Une étude affirmant que le glyphosate ne présente aucun risque grave pour la santé retirée pour suspicion de conflits d'intérêts, 25 ans après sa publication www.franceinfo.fr/environnemen...
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This entire grift relies on convincing people that they don't know how to do the things they have always known how to do, and ironically, if it works, we will, in a very short amount of time, forget how to do all the things we have always known how to do.
Jimmy Fallon: "And do you use ChatGPT when raising your baby?"
Sam Altman: "I cannot imagine figuring out how to raise a newborn without ChatGPT."
Sam Altman: "I cannot imagine figuring out how to raise a newborn without ChatGPT."
December 9, 2025 at 3:40 PM
This entire grift relies on convincing people that they don't know how to do the things they have always known how to do, and ironically, if it works, we will, in a very short amount of time, forget how to do all the things we have always known how to do.
Oh mais j'avais pas vu vous avez toustes la classe @thomas-morel.bsky.social
I won a prize 🥰 Le prix en histoire des sciences – Subvention Émile Blutet– Fondation Paul Louis Doistau 2025 de
@academiesciences.bsky.social @uni-wuppertal.bsky.social
@academiesciences.bsky.social @uni-wuppertal.bsky.social
December 9, 2025 at 4:28 PM
Oh mais j'avais pas vu vous avez toustes la classe @thomas-morel.bsky.social
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🎖️ Félicitations à Clémentine Maurice (@bloody-tangerine.bsky.social), Chargée de Recherche @cnrs-hautsdefrance.bsky.social, qui a reçu le Prix Inria @academiesciences.bsky.social des Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs 👇
www.hauts-de-france.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
www.hauts-de-france.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
December 5, 2025 at 8:53 AM
🎖️ Félicitations à Clémentine Maurice (@bloody-tangerine.bsky.social), Chargée de Recherche @cnrs-hautsdefrance.bsky.social, qui a reçu le Prix Inria @academiesciences.bsky.social des Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs 👇
www.hauts-de-france.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
www.hauts-de-france.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/...
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"La guerre contre l'Europe a déjà commencé. Simplement, nous ne l’appelons pas encore ainsi. Notre véritable adversaire est bien l’Europe, et non la malheureuse Ukraine"
Sergei Karaganov, un des principaux idéologues du Kremlin, vendredi dernier.
Au moins, c'est explicite.
t.me/skabeeva/39268
Sergei Karaganov, un des principaux idéologues du Kremlin, vendredi dernier.
Au moins, c'est explicite.
t.me/skabeeva/39268
Скабеева
ПАНК-РОК. Караганов в эфире #60минут
Лучшие на снаряде. Новая постоянная рубрика- прогноз: ‘что будет дальше’. Смотрите!
t.me
December 9, 2025 at 12:27 PM
"La guerre contre l'Europe a déjà commencé. Simplement, nous ne l’appelons pas encore ainsi. Notre véritable adversaire est bien l’Europe, et non la malheureuse Ukraine"
Sergei Karaganov, un des principaux idéologues du Kremlin, vendredi dernier.
Au moins, c'est explicite.
t.me/skabeeva/39268
Sergei Karaganov, un des principaux idéologues du Kremlin, vendredi dernier.
Au moins, c'est explicite.
t.me/skabeeva/39268
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Le site des concours CNRS n'est pas ouvert ?!
December 9, 2025 at 8:41 AM
Le site des concours CNRS n'est pas ouvert ?!
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Le saviez-vous ? Vous pouvez vous abonner d’un seul coup à non pas un, non pas deux, mais HUIT médias indépendants grâce à @lapresselibre.bsky.social, et ainsi permettre à autant de rédaction de travailler plus sereinement — à un moment où on a grand besoin de journalistes qui font du bon boulot.
December 7, 2025 at 4:49 PM
Le saviez-vous ? Vous pouvez vous abonner d’un seul coup à non pas un, non pas deux, mais HUIT médias indépendants grâce à @lapresselibre.bsky.social, et ainsi permettre à autant de rédaction de travailler plus sereinement — à un moment où on a grand besoin de journalistes qui font du bon boulot.
Pas mal la fête des lumières cette année
December 7, 2025 at 1:01 PM
Pas mal la fête des lumières cette année
Bedtools in rust has to be bedder
We are thrilled to announce the first official release (v0.1.8) of #𝗯𝗲𝗱𝗱𝗲𝗿, the successor to one of our flagship tool, #𝗯𝗲𝗱𝘁𝗼𝗼𝗹𝘀! Based on ideas we conceived of long ago (!), this was achieved thanks to the dedication of Brent Pedersen.
1/n
1/n
Intro to Bedder – The Quinlan Lab
quinlanlab.org
December 5, 2025 at 6:55 PM
Bedtools in rust has to be bedder
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We are thrilled to announce the first official release (v0.1.8) of #𝗯𝗲𝗱𝗱𝗲𝗿, the successor to one of our flagship tool, #𝗯𝗲𝗱𝘁𝗼𝗼𝗹𝘀! Based on ideas we conceived of long ago (!), this was achieved thanks to the dedication of Brent Pedersen.
1/n
1/n
Intro to Bedder – The Quinlan Lab
quinlanlab.org
December 2, 2025 at 2:28 AM