Valentin Loux | Lightnews

Torsten Seemann @torstenseemann.bsky.social · 1d

🗜️⚡ If you use gzip/gunzip a lot in your pipelines, switch to the faster"libdeflate" versions instead! They use modern CPU capabilities to achieve a 2-3x speedup.

libdeflate is in conda, and "libdeflate-gzip" and "libdeflate-gunzip" are drop-in replacements. #unix

github.com/ebiggers/lib...

GitHub - ebiggers/libdeflate: Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression

Heavily optimized library for DEFLATE/zlib/gzip compression and decompression - ebiggers/libdeflate

github.com

INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · 9d

Notre cycle 2026 de formation "Bioinformatique par la pratique" est ouvert 🎉.
16 modules proposés de mars à juin, ouverts à tous !
👉 Planning et inscriptions : documents.migale.inrae.fr/trainings.html

Florian Trigodet @floriantrigodet.bsky.social · 15d

Now published in Nature Biotechnology:
go.nature.com/44P7nSm
If you missed it, the TL;DR is in my April thread below

Croix-Rouge française @croixrouge.bsky.social · 23d

Face au froid, l’inaction n’est pas une option.
📞 Un réflexe citoyen si vous voyez une personne en détresse : appelez le 115.
#GrandFroid #CroixRouge #Solidarité #UrgenceSociale

Valentin Loux @vloux.bsky.social · 26d

Activation immédiate du plan grand froid et refonte sur le long terme des places « d’urgence » pour sortir les précaires de la rue !

Valentin Loux @vloux.bsky.social · 26d

« Ne prendre en charge les femmes enceintes que si elles sont dans leur huitième mois de grossesse et ne prendre en charge que les familles avec des enfants [de]moins de trois mois »
Face a la pénurie l’indigence des critères d’attribution de places au 115.

www.franceinfo.fr/societe/pauv...

Face à l'épisode de froid, "il est de l'intérêt des enfants que le plan grand froid soit déclenché" à Paris, réclame la Défenseure des enfants de la Ville

Quelque 23 départements ont déjà activé ce plan qui permet de mettre en place davantage de dispositifs d'urgence pour les personnes les plus vulnérables à la rue.

www.franceinfo.fr

GTN @galaxytraining.bsky.social · Dec 18

Save the date: The Galaxy Training Academy 2026 will happen from May 18th to May 22th

Read more at https://training.galaxyproject.org/training-material/news/2025/11/13/gta-date-2026.html

@galaxyproject.bsky.social

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Dec 17

« Les salariés du 115 ont le sentiment d’être en première ligne face à un système grippé de l’intérieur »
En Seine Saint-Denis comme ailleurs. Tellement de demandes, si peu de places ….

Libération @liberation.fr · Dec 17

«Des situations désespérées auxquelles on ne peut pas répondre» : les écoutants du 115 de Seine-Saint-Denis en grève

Le 15 décembre, sur 547 appels, dont beaucoup de femmes et de familles avec jeunes enfants, seules 4 personnes ont été mises à l’abri.

«Des situations désespérées auxquelles on ne peut pas répondre» : les écoutants du 115 de Seine-Saint-Denis en grève

Le 115 de Seine-Saint-Denis, porté par le réseau Interlogement93, débraye jusqu’au 18 décembre pour exiger de meilleures politiques publiques en matière d’accueil et d’hébergement des plus précaires.

www.liberation.fr

Libération @liberation.fr · Dec 17

«Des situations désespérées auxquelles on ne peut pas répondre» : les écoutants du 115 de Seine-Saint-Denis en grève

Le 15 décembre, sur 547 appels, dont beaucoup de femmes et de familles avec jeunes enfants, seules 4 personnes ont été mises à l’abri.

«Des situations désespérées auxquelles on ne peut pas répondre» : les écoutants du 115 de Seine-Saint-Denis en grève

Le 115 de Seine-Saint-Denis, porté par le réseau Interlogement93, débraye jusqu’au 18 décembre pour exiger de meilleures politiques publiques en matière d’accueil et d’hébergement des plus précaires.

www.liberation.fr

Le Monde @lemonde.fr · Dec 17

A Paris, le nombre de sans-abri dans les campements au plus haut depuis six ans

Les maraudes de France terre d’asile ont recensé, fin novembre, 663 tentes dans les principales zones de campements de la capitale, ce qui représenterait 985 à 1 723 personnes. En cause, la baisse des places d’hébergements et les restrictions dans l’accès au séjour.

www.lemonde.fr

Cameron Thrash @jcamthrash.bsky.social · Dec 15

Gempipe: a tool for drafting, curating, and analyzing pan and multi-strain genome-scale metabolic models journals.asm.org/doi/full/10.... #jcampubs

Torsten Seemann @torstenseemann.bsky.social · Dec 15

💾 Prokka 1.15.6 is released!

This is the last major release of Prokka. But don't be sad, because @oschwengers.bsky.social already has an excellent replacement called Bakta you can migrate to.
#bioinformatics #microbiology #genomics

github.com/tseemann/pro...

Release Heading into the sunset · tseemann/prokka

The future This is probably the last release of Prokka. I won't be making any code changes except bug fixes. I will update the databases occasionally. I strongly recommend you use Bakta by @oschwen...

github.com

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Dec 4

Trois jours d’échanges riches sur la structuration de la bioinformatique en France et les nombreux défis stratégique : IA, ouverture des données, accompagnement des communautés , gestion des donnes sensibles …

INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · Dec 3

Nous sommes bien là ;)

IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Dec 3

📣🚀✨Toutes nos équipes et plateformes sont réunies depuis hier pour cette nouvelle édition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 !
#ElixirFR25

Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · Dec 4

Nous y étions et avons participé activement aux FROGSDays 2025 ✨, un rendez-vous marqué par le partage 🤝, l’innovation 🔬 et les échanges autour du métabarcoding microbien.

Plus d'information : lnkd.in/d3A7qN4n

INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · Dec 3

Nous sommes bien là ;)

IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Dec 3

📣🚀✨Toutes nos équipes et plateformes sont réunies depuis hier pour cette nouvelle édition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 !
#ElixirFR25

INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · Dec 3

Migale est partie prenante des #FROGS Days (1-3/12/25), pour célébrer les 10 ans de l’outils #FROGS pour l’analyse de données de metabarcoding. @cmidoux.bsky.social @mahendram.bsky.social et Olivier Rué y présentent certaines de nos contributions.

👉 frogsdays.symposium.inrae.fr

IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Dec 3

📣🚀✨Toutes nos équipes et plateformes sont réunies depuis hier pour cette nouvelle édition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 !
#ElixirFR25

Daniel Podlesny @podlesny.bsky.social · Dec 2

We're excited to release metaTraits.embl.de! 🦠 Interactively explore 140+ 𝗺𝗶𝗰𝗿𝗼𝗯𝗶𝗮𝗹 𝗽𝗵𝗲𝗻𝗼𝘁𝘆𝗽𝗶𝗰 𝘁𝗿𝗮𝗶𝘁𝘀, harmonized & integrated from culture-derived collections 🔬 & genome-based predictions 🧬 for >2M MAGs & genomes.

Publication at NAR: doi.org/10.1093/nar/... @narjournal.bsky.social #microsky 🧵 1/8

Bearstech @bearstech.com · Dec 1

Le calendrier de l'Avent de SadServers.

Advent of Sysadmin 2025, la version sysadmin de l'Advent of Code, avec des serveurs tristes. (P+Lu)

👉 sadservers.com/advent

"Auderghem": containers miscommunication
Scenario: "Auderghem": containers miscommunication

Level: Easy

Type: Fix

Tags: nginx

Access: Email

Description: There is an nginx Docker container that listens on port 80, the purpose of which is to redirect the traffic to two other containers statichtml1 and statichtml2 but this redirection is not working.
Fix the problem.

IMPORTANT. You can restart all containers, but don't stop or remove them.

Root (sudo) Access: True

Test: The nginx container must redirect the traffic to the statichtml1 and statichtml2 containers:

curl http://localhost returns the Welcome to nginx default page
curl http://localhost/1 returns HelloWorld;1
curl http://localhost/2 returns HelloWorld;2

The "Check My Solution" button runs the script /home/admin/agent/check.sh, which you can see and execute.

Time to Solve: 15 minutes.

Chloé Baum @chloebaum.bsky.social · Dec 1

📢 Registration for the Nanopore Users Day 2026 is now OPEN!
Registration is free but mandatory

🗓️ 10 March 2026
📍Institut Pasteur Paris
Make sure to secure your spot, see you there!

👉 www.eventbrite.com/e/billets-na...

@chcrestani.bsky.social @pasteur.fr @nanoporetech.com @nebiolabs.bsky.social

IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Nov 28

📢🚀💻Le nouveau site internet de l’IFB/ELIXIR-FR est en ligne !!!
Lancé début 2025, le projet de refonte/création du nouveau site internet de l’IFB/ELIXIR-FR atteint aujourd’hui l’une de ses étapes cruciales : sa publication ! www.ifb-elixir.fr

Bearstech @bearstech.com · Nov 20

Campagne de dons 2026 de Framasoft, un objectif de 250 000 € pour soutenir l'usage numérique éthique de 2 millions de bénéficiaires.

❤️ Pour soutenir l'association 👉 soutenir.framasoft.o...

Soutenez notre campagne 2026 !
Framasoft maintient et fournit de nombreux services en ligne (Framadate, Framapad, Framaspace, etc). Ces services, ainsi que toutes nos actions s'ancrent dans notre mission : permettre l'existence d'un numérique robuste et émancipateur, pensé pour les humains et les humaines.

Un tout nouveau Framadate, PeerTube en version 8, des améliorations pour Framaspace… nous vous avons préparé plein de surprises pour cette fin d'année ! Nous ne nous arrêterons pas en si beau chemin pour autant, pour 2026, nous souhaitons améliorer les services existants et en proposer de nouveaux !

Notre petite association existe grâce à la solidarité de nombreuses personnes. Vos dons1 permettent à plus de 2 millions de personnes d'accéder gratuitement à un numérique respectueux !

1 Framasoft est reconnue d'intérêt général : chaque don est déductible à 66% pour les contribuables résidant en France.

JOBIM 2026 @jobim2026.bsky.social · Nov 20

🎉 À VOS AGENDAS !
📅 Du 30 juin au 3 juillet 2026
📍 à Strasbourg, France

JOBIM 2026 revient pour sa 26ᵉ édition !

JOBIM est l’événement annuel qui réunit toute la communauté bioinformatique française, sous l’égide de la SFBI, en partenariat avec l’IFB et le GDR BIMMM.

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Nov 12

Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...

La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · Nov 12

Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...

Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal

Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the

bioengineer.org

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Nov 8

"nos projections sur les impacts environnementaux à venir sont avant toutes coincées dans le présent"
" […]d’une IA qui se substitue à tous les usages numériques actuels, ne permettent pas d’imaginer ce que notre consommation d’énergie va devenir"

danslesalgorithmes.net/2025/06/16/i...

“Il est probable que l’empreinte environnementale de l’IA soit aujourd’hui la plus faible jamais atteinte”

Alors que l’IA s’intègre peu à peu partout dans nos vies, les ressources énergétiques nécessaires à cette révolution sont colossales. Les ...

danslesalgorithmes.net

Agence France-Presse @afp.com · Nov 7

⚫ Le prix Nobel américain James Watson, qui révolutionné la science en découvrant la structure de l'ADN avec son collègue Francis Crick, est décédé à l'âge de 97 ans, a annoncé vendredi le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), avec lequel il a travaillé ⬇️

IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Nov 7

🚀👩‍💻🧑‍💻 End of this week of #BioHackEU25, organised by @elixir-europe.org , to advance all projects in synergy! Thank you to the IFB/ELIXIR-FR team (on-site and remotely), and to our colleagues at @genouest.bsky.social 👏

INRAE Migale @inrae-migale.bsky.social · Nov 4

@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏

Tim @acupoftim.bsky.social · Nov 4

✏ Les Crayons Solidaires reviennent le mercredi 3 décembre à Paris, au Ground Control de 18h à 22h. Le principe est simple : vous venez sur place, vous payez pour qu'on vous tire le portrait, et tout l'argent va aux Restos du Coeur. Il y a aussi plein d'originaux et de tirages à acheter. À bientôt !

Les Crayons Solidaires, un événement au profit des Restos du Cœur. Mercredi 3 décembre de 18h à 22h. Ground Control, 81 Rue du Charolais, 75012 Paris.

20 Artistes présent.es : Boulet, Marielle Durand, Singeon, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Camille de Cussac, Alice Chemama, Karim Frihq, Hélène le Cam, Davy Mourier, Prims, Tim,Chloe Briggs, Pochep, Tristuss, Libon, Léah Touitou, Tido, Livio Fania, Matthias Bourdelier, Capucine, Maud Chalmel, halres Berbérian, Mat Let.

Originaux et tirages d’artistes partenaires à retrouver en boutique : Pénélope Bagieu, Camille de Cussac, Boulet, kek, Singeon, Tido, Benoit Guillaume, Pierre Amoudry, Sylvain Cnudde, Rémi Courgeon, Marielle Durand, Marc Boutavant, Jacques de Loustal

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