Francois Sabot
@francoissabot.bsky.social
Scientist, biologist, #evolution and #pangenomics, #bioinformatics, #AI and #OpenScience @ird_fr - and a little bit a #geek too
mastodon: @francois_sabot@genomic.social
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Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you !
January 27, 2026 at 10:19 AM
Dear all, here is my probably last post here... Social networks, whatever they are, or almost, did not bring me any benefits in my work and personal life compared to the investment they require... So see you !
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« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […]
« A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
« A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
A Madagascar, la précarité des petites mains de l’IA
L’annotation, métier peu connu consistant à qualifier les données qui entraînent l’intelligence artificielle, est devenue une activité économique majeure pour l’île. Plusieurs dizaines de milliers de ...
www.lemonde.fr
January 3, 2026 at 6:49 AM
« Entre 150 millions et 400 millions de personnes vivent de ce métier peu connu, principalement en Inde ou en Afrique, […]
« A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
« A force de faire ça tous les jours, on stagne mentalement, comme si ça nous empêchait de réfléchir. […] On est comme des robots. Même les pauses pipi sont comptabilisées »»
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Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année.
December 29, 2025 at 3:58 PM
Les éditions L’Atalante et Au diable vauvert ont la tristesse de faire part du décès brutal de Pierre Bordage, dû à un arrêt cardiaque survenu le 26 décembre 2025 dans sa 71e année.
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A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation.
#TEsky #transposon
#TEsky #transposon
doi.org
December 29, 2025 at 5:42 PM
A nice opinion paper (doi.org/10.1016/j.pb... ) from @anneroulin.bsky.social that highlights the need for caution when generalizing about the importance of TEs in local plant adaptation.
#TEsky #transposon
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à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois
www.lemonde.fr/idees/articl...
www.lemonde.fr/idees/articl...
David Monniaux, directeur de recherche au CNRS : « Que se passerait-il si Trump ordonnait aux Gafam de cesser leurs services cloud à l’égard de nos gouvernements ? »
TRIBUNE. Dans une tribune au « Monde », le chercheur souligne les dangers de la dépendance numérique européenne à l’égard des géants du Web, soumis à la législation américaine.
www.lemonde.fr
December 24, 2025 at 12:48 PM
à l'heure où les USA sanctionnent Thierry Breton.. pardonnez l'autopromo, mais si vous ne l'avez pas lue, lisez ma tribune d'il y a deux mois
www.lemonde.fr/idees/articl...
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🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes
December 19, 2025 at 6:14 PM
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🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes
December 19, 2025 at 12:39 PM
🌍💻Rencontre des réseaux ouest-africains et français autour de la bioinformatique et de l’administration de systèmes
📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD
ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
December 19, 2025 at 5:47 AM
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📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD
ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
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December 18, 2025 at 10:57 PM
📍 Du 15 au 17 décembre 2025, une délégation de la #SFBI, de l’ #IFB (ELIXIR-FR) et de l’Université de Montpellier a été invitée au lancement du Réseau ouest Africain des Bioinformaticiens et Administrateurs de Systèmes (#RABIAS), organisé par #WAVE et l’ #IRD
ℹ️ www.sfbi.fr/blog/article...
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🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur !
r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6...
🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros !
r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6...
🔔 N'oubliez pas de vous abonner pour ne pas rater nos futurs numéros !
December 18, 2025 at 2:42 PM
🔓🔬 Le dernier #IRDenBref de l'année : ce mois-ci, la #scienceouverte est à l'honneur !
r.communication.ird.fr/mk/mr/sh/1t6...
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Anne résume admirablement bien les 30 dernières années.
Microsoft, ESR et logiciels libres : un fil.
December 17, 2025 at 7:10 AM
Anne résume admirablement bien les 30 dernières années.
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Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT
Guidelines: zenodo.org/records/1582...
@ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics
The European Reference #Genome Atlas
Guidelines: zenodo.org/records/1582...
@ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics
The European Reference #Genome Atlas
December 16, 2025 at 12:37 PM
Announcing ERGA Community #Genomes on GoaT
Guidelines: zenodo.org/records/1582...
@ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics
The European Reference #Genome Atlas
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@ergabiodiv.bsky.social #biodiversity #genomics
The European Reference #Genome Atlas
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Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝
Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
December 16, 2025 at 8:59 AM
Ravie d'avoir signé hier un accord de partenariat entre l’@ird-fr.bsky.social & le NASAC , avec son président Mahouton Norbert HOUNKONNOU🤝
Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
Une étape qui illustre notre engagement à promouvoir l’excellence scientifique & académique, avec le réseau des académies scientifiques africaines🌍
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@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts
Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh
bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh
bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts
Foundation models pre-trained on certain biological data modalities exhibit systematic representational biases when encountering out-of-distribution (OOD) data from new assays. The embedding drift lar...
doi.org
December 15, 2025 at 8:54 PM
@rohitsingh8080.bsky.social USHER: Guiding Foundation Model Representations through Distribution Shifts
Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh
bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
Aditya Pratapa, Purushothama Rao Tata, Rohit Singh
bioRxiv 2025.11.20.689462; doi: doi.org/10.1101/2025...
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We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic"
Well we have corollary:
Well we have corollary:
December 12, 2025 at 2:25 AM
We all know Clarke's "sufficiently advanced technology is indistinguishable from magic"
Well we have corollary:
Well we have corollary:
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Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES
3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation
Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation
Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
December 11, 2025 at 8:39 PM
Ravie d’avoir signé hier, un accord-cadre entre l’ @ird-fr.bsky.social & le CAMES
3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation
Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
3 axes majeurs : science ouverte, formation et innovation
Une étape importante afin de renforcer nos collaborations institutionnelle, académique et scientifique !🌍
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Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les...
#donneesrecherche #entrepotdedonnées
#donneesrecherche #entrepotdedonnées
December 11, 2025 at 4:43 PM
Mise à jour du guide « Partager les données liées aux publications scientifiques – Guide pour les chercheurs » du comité pour la #scienceouverte : www.ouvrirlascience.fr/partager-les...
#donneesrecherche #entrepotdedonnées
#donneesrecherche #entrepotdedonnées
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À quoi sert la #bioinformatique?
🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances
Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances
Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
Tout commence par un point | Ce que la bioinformatique apporte à la science et à la société
YouTube video by SIB - Swiss Institute of Bioinformatics
www.youtube.com
December 10, 2025 at 10:19 AM
À quoi sert la #bioinformatique?
🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances
Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
🔴 @sib.swiss nous organisons les données des sciences de la vie, les conservons dans des bases de données et les transformons en connaissances
Découvrez la vidéo ⏩ www.youtube.com/watch?v=BG-h...
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Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social
Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques.
Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques.
Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
December 10, 2025 at 3:37 PM
Ravie d'avoir signé hier avec Bruno Sportisse le renouvellement du partenariat entre l'INRIA et @ird-fr.bsky.social
Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques.
Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
Pour une science des données & un numérique frugal, éthique, soutien à l'ESR et qui éclaire les décisions publiques.
Ensemble pour un numérique au service des transitions durables🌿
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😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag...
⏱️ Registration closes on 14 January!
⏱️ Registration closes on 14 January!
December 9, 2025 at 10:06 AM
😁 The EAGS2026 (International Environmental and Agronomical Genomics symposium) program is finally online HERE: eags2026.sciencesconf.org/resource/pag...
⏱️ Registration closes on 14 January!
⏱️ Registration closes on 14 January!
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PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!!
statml.peercommunityin.org
For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
statml.peercommunityin.org
For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
PCI Statistics and Machine Learning
Peer Community in Statistics and Machine Learning
statml.peercommunityin.org
December 8, 2025 at 8:53 AM
PCI Statistics and Machine Learning (@pcistatml.bsky.social) is now open for submissions!!
statml.peercommunityin.org
For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
statml.peercommunityin.org
For an updated list of all the thematic PCIs, visit peercommunityin.org/current-pcis/
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Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connect
Connecting Swiss bioinformatics to the EU - Swisscore
Swiss bioinformatics excellence strengthens EU research, from cancer data platforms to genomic tools for biodiversity and conservation.
www.swisscore.org
December 5, 2025 at 10:44 AM
Connecting Swiss bioinformatics to the EU www.swisscore.org/connecting-s... a briefing from @swissmissioneu.bsky.social highlighting @sib.swiss participation in Horizon Europe projects @biogeneurope.bsky.social & UNCAN-Connect
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L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
L’« effet Lazare » désigne un phénomène bien plus fréquent qu’on ne le pense : la réapparition de certaines espèces, genres ou familles du vivant que l’on croyait éteintes.
theconversation.com
December 4, 2025 at 12:55 PM
L’« effet Lazare », ou quand certains êtres vivants ressurgissent après des millions d’années
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Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
Marthe, Nina1 ; Zytnicki, Matthias2 ; Sabot, François1 1 DIADE unit, UM, Cirad, IRD, Montpellier, France 2 MIAT, INRAE, Auzeville-Tolosane, France
buff.ly
December 4, 2025 at 11:01 AM
Now published in Peer Community Journal, #animalscience section: GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph