bonohu
@bonohu.bsky.social
bonohu a researcher in Genomics and Bioinformatics lived on an isolated island on land.
Reposted by bonohu
🌾 Now published in Bioinformatics Advances: "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome".
Explore the full study: https://doi.org/10.1093/bioadv/vbag013
Authors include: @sorayone56.bsky.social
Explore the full study: https://doi.org/10.1093/bioadv/vbag013
Authors include: @sorayone56.bsky.social
January 28, 2026 at 10:02 AM
🌾 Now published in Bioinformatics Advances: "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome".
Explore the full study: https://doi.org/10.1093/bioadv/vbag013
Authors include: @sorayone56.bsky.social
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Authors include: @sorayone56.bsky.social
大学院生時代からやりたかった「配列類似性は低いが、構造類似性は高い」に基づく遺伝子機能予測手法の開発。
特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！
特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！
Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome
AbstractMotivation. Life science databases include large collections of public transcriptome and large-scale structural data. The reuse and integration of
doi.org
February 11, 2026 at 1:38 AM
大学院生時代からやりたかった「配列類似性は低いが、構造類似性は高い」に基づく遺伝子機能予測手法の開発。
特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！
特定生物のゲノム(genome)解読による遺伝子コード領域予測とそこから得られるすべてのタンパク質配列情報(proteome)、さらにAlphafoldによるそれらすべてのタンパク質の立体構造情報(structurome)、そして高速なタンパク質立体構造比較が可能となったことで、それをついに実現することができました！
Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome
AbstractMotivation. Life science databases include large collections of public transcriptome and large-scale structural data. The reuse and integration of
doi.org
February 11, 2026 at 1:30 AM
Following peer review, a research paper titled "Functional annotation of novel heat stress-responsive genes in rice utilizing public transcriptomes and structurome" was typeset and published! #bonohulab
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Bioinformatics Advances, Volume 6, Issue 1, 2026, vbag013, doi.org/10.1093/bioa...
Curses return upon the heads of those that curse.
February 8, 2026 at 8:25 AM
Curses return upon the heads of those that curse.
Following peer review, a research paper titled "Functional Annotation Workflow for Fungal Transcriptomes" was published. doi.org/10.3390/jof1... #bonohulab
doi.org
February 7, 2026 at 9:19 AM
Following peer review, a research paper titled "Functional Annotation Workflow for Fungal Transcriptomes" was published. doi.org/10.3390/jof1... #bonohulab
タームの終わりは昨日だったようだ。お疲れさまでした
February 7, 2026 at 9:14 AM
タームの終わりは昨日だったようだ。お疲れさまでした
Reposted by bonohu
【CHIBADAI Story】
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science
Tazro OHTA, Associate Professor
Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity
www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26...
#AI #DataScience #Database #Genome #Research
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science
Tazro OHTA, Associate Professor
Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity
www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26...
#AI #DataScience #Database #Genome #Research
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science Associate Professor, Institute for Advanced Academic Research/Graduate School of Medicine, Chiba University Tazro OHTA | CHIBADAI ...
"My job is to collect and clean data," says Associate Professor Tazro Ohta of Chiba University's Institute for Advanced Academic Research, Graduate School of Medicine, and Data Science Core (DSC). As ...
www.cn.chiba-u.jp
January 20, 2026 at 1:12 AM
【CHIBADAI Story】
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science
Tazro OHTA, Associate Professor
Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity
www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26...
#AI #DataScience #Database #Genome #Research
Open Databases, More Freedom: From Failed Experiments to Data Science
Tazro OHTA, Associate Professor
Institute for Advanced Academic Research / Graduate School of Medicine, #ChibaUniversity
www.cn.chiba-u.jp/en/story_e26...
#AI #DataScience #Database #Genome #Research
割と変化の早い海外の学会感。かつてはコンピュータルームに何台かあったプリンターがなくなっててペーパーレスが加速してる
January 11, 2026 at 6:21 PM
割と変化の早い海外の学会感。かつてはコンピュータルームに何台かあったプリンターがなくなっててペーパーレスが加速してる
"QPX: Pathway analysis environment" has been published as preprint on BioHackrXiv as the DBCLS BioHackathon 2025 report. doi.org/10.37044/osf...
OSF
osf.io
January 7, 2026 at 12:57 AM
"QPX: Pathway analysis environment" has been published as preprint on BioHackrXiv as the DBCLS BioHackathon 2025 report. doi.org/10.37044/osf...
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Genome editing of the flavanone 3-hydroxylase gene produces a green Perilla line with elevated luteolin accumulation https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.28.695628v1
December 29, 2025 at 2:01 AM
Genome editing of the flavanone 3-hydroxylase gene produces a green Perilla line with elevated luteolin accumulation https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.28.695628v1
Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects sj.jst.go.jp/stories/2025... #BioDX
Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects
Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects
sj.jst.go.jp
December 23, 2025 at 7:30 AM
Promoting 'Bio-DX' for a sustainable eco-society through genome editing: developing hypoallergenic eggs and super insects sj.jst.go.jp/stories/2025... #BioDX
実験医学増刊の2025年版DB本出ました！ #bonohulab の研究員の2人がWikiPathwaysとInterProのところを執筆協力しました
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
実験医学増刊：オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53〜情報の海で手に入る宝物で、あなたの研究が発展する！
「どうすれば欲しいデータを効率よく探せるだろう？」「このオミクス解析結果，どう解釈しよう？」生命医科学分野の公共データベースの数は2,000を超えるといわれており，研究の目的に合ったものを見つけ出すのは困難です．本書は，ゲノム，タンパク質，代謝物などあらゆるレイヤーについて，データの入手と解釈に有用なデータベースを厳選して特徴と使い方を紹介します！
www.yodosha.co.jp
December 8, 2025 at 9:40 AM
実験医学増刊の2025年版DB本出ました！ #bonohulab の研究員の2人がWikiPathwaysとInterProのところを執筆協力しました
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
共同研究講座研究員の今井さん、神田さん、統合生命科学研究科 生物資源科学プログラムの美野さんと小池教授、プラチナバイオ株式会社の奥原さん、と坊農による東広島市安芸津（三津湾）の牡蠣ゲノム解読の論文 (DOI: 10.1101/2025.11.20.688662) が bioRxiv に公開されました🦪🧬
東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab
東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab
High-quality genome assembly and functional annotation of Hiroshima-derived Pacific oyster Magallana gigas https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.11.20.688662v1
November 24, 2025 at 10:45 PM
共同研究講座研究員の今井さん、神田さん、統合生命科学研究科 生物資源科学プログラムの美野さんと小池教授、プラチナバイオ株式会社の奥原さん、と坊農による東広島市安芸津（三津湾）の牡蠣ゲノム解読の論文 (DOI: 10.1101/2025.11.20.688662) が bioRxiv に公開されました🦪🧬
東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab
東広島市の「次世代学園都市の実現に向けたバイオ分野の産学官連携強化」の方針によるオープンイノベーション加速事業とJST共創の場形成支援プログラム(COI-NEXT)「バイオDX産学共創拠点」による成果です #bonohulab
Reposted by bonohu
Functional Annotation of Novel Heat Stress-responsive Genes in Rice Utilizing Public Transcriptomes and Structurome https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.29.679423v1
October 1, 2025 at 10:47 PM
Functional Annotation of Novel Heat Stress-responsive Genes in Rice Utilizing Public Transcriptomes and Structurome https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.29.679423v1
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This is a good example of how people feel when you make an important announcement only in your language. heh. It also reminds us what a wonderful world with an advanced machine translation function we're living in. mp.weixin.qq.com/s/zlr6KLLHGI...
期刊公告 | 徐讯研究员出任《GigaScience》主编
mp.weixin.qq.com
October 1, 2025 at 6:28 AM
This is a good example of how people feel when you make an important announcement only in your language. heh. It also reminds us what a wonderful world with an advanced machine translation function we're living in. mp.weixin.qq.com/s/zlr6KLLHGI...
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防災の日。102年前の関東大震災では、
「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」
などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。
102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。
#防災の日
#関東大震災
note.com/ulaken/n/n8b...
「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」
などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。
102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。
#防災の日
#関東大震災
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表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由【完全版】ー“空気”を変える力は、あなたの手の中にある｜ウラケン・ボルボックス
『表現を仕事にする人が、歴史と政治を学んだ方がいい理由』。このnoteを投稿したときは、正直ここまで反響があるとは予想もしませんでした。
しかし、公開直後からたくさんの方に読まれ、スキをもらい、コメントやシェアが広がっていく中で、ある確信が芽生えました。 「みんな、モヤモヤしている。」 あのnoteは、昨今の情勢に対して抱いていた違和感、個人的モヤモヤを、文章として固形化したものでしたが、...
note.com
August 31, 2025 at 10:43 PM
防災の日。102年前の関東大震災では、
「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」
などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。
102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。
#防災の日
#関東大震災
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「朝鮮人が井戸に毒を入れた・放火をした・暴動を起こした」
などのデマが飛び交い、信じた人々が関東各地で虐殺行為を行った。排外主義が幅を利かせる昨今。もし、いままた首都直下型地震が発生したとして、同様の事態に陥らないと言い切れるだろうか。
102年前の事件を知らない人ほど、同様の行為に走るのではないだろうか。我々は歴史から過ちを学ぶ必要がある。
#防災の日
#関東大震災
note.com/ulaken/n/n8b...
先日の万博出展の報告が出てました
「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」
「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」
これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。
www.biodx.org/post/2025-08...
「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」
「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」
これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。
www.biodx.org/post/2025-08...
September 1, 2025 at 12:46 AM
先日の万博出展の報告が出てました
「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」
「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」
これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。
www.biodx.org/post/2025-08...
「6日間で7万人を超える方が来場され、アレルギー低減卵の取組みに期待と応援の言葉をいただきました」
「アレルギー低減卵が製品化された未来への願いを卵型のカプセルに込める「FutureEgg」には、1,000件を超えるメッセージをいただきました。なかには研究者・開発者への応援メッセージもあり、関係者でひとつひとつ大切に拝見しました。」
これまでのイベントと比べてその来場者の多さに圧倒される、素晴らしいアウトリーチの機会となりました。
www.biodx.org/post/2025-08...
本日オープンキャンパス。その前に暑気払いの空からの放水。開始までには止んで欲しいところだが
www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025
www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025
広島大学オープンキャンパス2025 オンラインコンテンツ
www.hiroshima-u.ac.jp
August 6, 2025 at 10:41 PM
本日オープンキャンパス。その前に暑気払いの空からの放水。開始までには止んで欲しいところだが
www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025
www.hiroshima-u.ac.jp/oc/online2025
令和7年度広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ（施設公開）
夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。
開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時
開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目）
www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...
夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。
開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時
開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目）
www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...
August 4, 2025 at 11:41 PM
令和7年度広島中央サイエンスパーク夏休みオープンラボ（施設公開）
夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。
開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時
開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目）
www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...
夏休みオープンラボは、広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山）に立地している国や県、民間の研究機関が連携して開催する児童・生徒向け科学体験イベントです。パーク内の9つの建物で、工夫を凝らした体験・展示・施設見学等を行うほか、特別講演会も開催します。
開催日時：令和7年8月22日（金曜日）10時～16時
開催場所：広島中央サイエンスパーク（東広島市鏡山三丁目）
www.pref.hiroshima.lg.jp/soshiki/247/...