Laboratoire des Interactions Plantes, Microbes et Environnement
@lipme-toulouse.bsky.social
French public research laboratory. Plants interacting with biotic partners under changing environments.
@INRAE_FRANCE & @CNRS located at INRAE Toulouse Institute
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Very exited to test our new root-phenotyping infrastructure #TPMP #inoviaFlow @lipme-toulouse.bsky.social come and work with us !
December 4, 2025 at 9:40 PM
Very exited to test our new root-phenotyping infrastructure #TPMP #inoviaFlow @lipme-toulouse.bsky.social come and work with us !
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Excited to bring to your attention 2-year work by @sylvain-vicente.bsky.social and collaborators #BIOSP #MathNum @inrae-dpt-spe.bsky.social. A re-evaluation of STAMP modelling, introducing a much needed time-resolution. Works also on Animal-bacterial infection models. www.biorxiv.org/content/10.1...
November 23, 2025 at 5:34 PM
Excited to bring to your attention 2-year work by @sylvain-vicente.bsky.social and collaborators #BIOSP #MathNum @inrae-dpt-spe.bsky.social. A re-evaluation of STAMP modelling, introducing a much needed time-resolution. Works also on Animal-bacterial infection models. www.biorxiv.org/content/10.1...
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Léa Ninzatti, Marie-Françoise Jardinaud, and Aurélien Carlier review current knowledge of hereditary leaf symbiosis in tropical plants and explore hypotheses regarding mechanisms that enable these highly specific interactions: https://doi.org/10.1094/PBIOMES-11-24-0111-RVW
October 21, 2025 at 4:55 PM
Léa Ninzatti, Marie-Françoise Jardinaud, and Aurélien Carlier review current knowledge of hereditary leaf symbiosis in tropical plants and explore hypotheses regarding mechanisms that enable these highly specific interactions: https://doi.org/10.1094/PBIOMES-11-24-0111-RVW
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Brilliantly closing the @tulip-gs-labex.bsky.social Forum 2025 was @paduba.bsky.social (@lipme-toulouse.bsky.social) presenting her exploration of the core microbiota of photosynthetic organisms and upcoming projects as a CNRS permanent researcher 🤩
doi.org/10.1016/j.pb...
doi.org/10.1111/nph....
doi.org/10.1016/j.pb...
doi.org/10.1111/nph....
Building microbial synthetic communities: get inspired by the design of synthetic plant communities
In the last decade, the generation of host-associated microbial culture collections has allowed the fine disentangling of complex relationships between commensal microbes and their hosts, and within-...
doi.org
November 15, 2025 at 5:10 PM
Brilliantly closing the @tulip-gs-labex.bsky.social Forum 2025 was @paduba.bsky.social (@lipme-toulouse.bsky.social) presenting her exploration of the core microbiota of photosynthetic organisms and upcoming projects as a CNRS permanent researcher 🤩
doi.org/10.1016/j.pb...
doi.org/10.1111/nph....
doi.org/10.1016/j.pb...
doi.org/10.1111/nph....
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Check out the quality of segmentation by #OneRosette, even when leaves are dying to DC3000. Come and see nuts and bolts of this deep learning prompt-engineering by PhD candidate Felicià Maviane @lipme-toulouse.bsky.social on the 24/10/2025 13h #Margulis
October 15, 2025 at 8:53 AM
Check out the quality of segmentation by #OneRosette, even when leaves are dying to DC3000. Come and see nuts and bolts of this deep learning prompt-engineering by PhD candidate Felicià Maviane @lipme-toulouse.bsky.social on the 24/10/2025 13h #Margulis
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Il y a près d’un demi-milliard d’années, les premières plantes terrestres établissaient des liens étroits avec les champignons 🪴🍄
🆕De nouveaux détails sur cette #symbiose ancestrale viennent d'être révélés grâce à une plante particulière de la famille des #bryophytes
▶️ url.inrae.fr/40h31Rl
🆕De nouveaux détails sur cette #symbiose ancestrale viennent d'être révélés grâce à une plante particulière de la famille des #bryophytes
▶️ url.inrae.fr/40h31Rl
June 25, 2025 at 12:00 PM
Il y a près d’un demi-milliard d’années, les premières plantes terrestres établissaient des liens étroits avec les champignons 🪴🍄
🆕De nouveaux détails sur cette #symbiose ancestrale viennent d'être révélés grâce à une plante particulière de la famille des #bryophytes
▶️ url.inrae.fr/40h31Rl
🆕De nouveaux détails sur cette #symbiose ancestrale viennent d'être révélés grâce à une plante particulière de la famille des #bryophytes
▶️ url.inrae.fr/40h31Rl
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From single annotated rosette to reliable Deep Learning segmentation across infection conditions; by PhD student Felicià Maviane achieved by prompt-engineering SAM.
Co-supervised with David Rousseau @irhs-angers.bsky.social @lipme-toulouse.bsky.social #TPMP
PhD defence 24/10/2024.
Co-supervised with David Rousseau @irhs-angers.bsky.social @lipme-toulouse.bsky.social #TPMP
PhD defence 24/10/2024.
October 10, 2025 at 1:05 PM
From single annotated rosette to reliable Deep Learning segmentation across infection conditions; by PhD student Felicià Maviane achieved by prompt-engineering SAM.
Co-supervised with David Rousseau @irhs-angers.bsky.social @lipme-toulouse.bsky.social #TPMP
PhD defence 24/10/2024.
Co-supervised with David Rousseau @irhs-angers.bsky.social @lipme-toulouse.bsky.social #TPMP
PhD defence 24/10/2024.
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TIRIS Postdoc fellowship call will soon be open in Toulouse! If you're interested in plant microbiota, or plant-plant interactions or experimental evolution, the ECOGEN team at the @lipme-toulouse.bsky.social would be happy to support and help with your application!
AToUT – TIRIS – Toulouse's Science In and For Society
tiris.univ-toulouse.fr
October 3, 2025 at 12:58 PM
TIRIS Postdoc fellowship call will soon be open in Toulouse! If you're interested in plant microbiota, or plant-plant interactions or experimental evolution, the ECOGEN team at the @lipme-toulouse.bsky.social would be happy to support and help with your application!
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The timing could not have been better. Congrats Eve!! Another great soon-to-be PhD (H-24) from the @lrsv-toulouse.bsky.social
I’m very happy that my main PhD work, under the supervision of @malick-mbengue.bsky.social, found a home in @pnas.org
Two days before my PhD defence! 🎉 (1/6)
Two days before my PhD defence! 🎉 (1/6)
A plant Lysin Motif Receptor-Like Kinase plays an ancestral function in mycorrhiza | PNAS
Arbuscular mycorrhiza (AM) with soilborne Glomeromycota fungi was pivotal in the conquest
of land by plants almost half a billion years ago. In flo...
www.pnas.org
June 12, 2025 at 8:33 AM
The timing could not have been better. Congrats Eve!! Another great soon-to-be PhD (H-24) from the @lrsv-toulouse.bsky.social
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La version française est toujours disponible :
www.pourlascience.fr/sd/biologie-...
www.pourlascience.fr/sd/biologie-...
Ce que le son fait aux plantes
Parler à ses plantes, les baigner dans un environnement musical… serait-ce une des clés de ceux qui ont la « main verte » ? Entre expérimentations sonores dans les champs et expériences en laboratoire, pas à pas, la sensibilité des plantes aux sons commence à être élucidée. Déjà, surgissent des questions vertigineuses. Le son aurait-il un rôle dans l’adaptation des plantes à leur environnement ?
www.pourlascience.fr
February 12, 2025 at 2:36 PM
La version française est toujours disponible :
www.pourlascience.fr/sd/biologie-...
www.pourlascience.fr/sd/biologie-...
[#HDR] 👏 Félicitations à Adelin @abarbacci.bsky.social
qui a brillamment soutenu son HDR sur la Biomécanique des Interactions Plantes🌿, Microbes 🍄🦠, Environnement💨, à travers ses projets sur :
▶️ La régulation de l'immunité via la mécano-perception
▶️ La biophysique des interactions plante-pathogène
qui a brillamment soutenu son HDR sur la Biomécanique des Interactions Plantes🌿, Microbes 🍄🦠, Environnement💨, à travers ses projets sur :
▶️ La régulation de l'immunité via la mécano-perception
▶️ La biophysique des interactions plante-pathogène
July 17, 2025 at 3:33 PM
[#HDR] 👏 Félicitations à Adelin @abarbacci.bsky.social
qui a brillamment soutenu son HDR sur la Biomécanique des Interactions Plantes🌿, Microbes 🍄🦠, Environnement💨, à travers ses projets sur :
▶️ La régulation de l'immunité via la mécano-perception
▶️ La biophysique des interactions plante-pathogène
qui a brillamment soutenu son HDR sur la Biomécanique des Interactions Plantes🌿, Microbes 🍄🦠, Environnement💨, à travers ses projets sur :
▶️ La régulation de l'immunité via la mécano-perception
▶️ La biophysique des interactions plante-pathogène
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Are chromatin remodelling complexes targets of bacterial effectors PopP2 & XopJ6 ? Check out our work at #2025ISMPMI ! P-163 presented Wednesday afternoon by my amazing PhD supervisors Laurent Deslandes & Valerie Pacquit. @lipme-toulouse.bsky.social @ismpmi.bsky.social
July 15, 2025 at 3:23 PM
Are chromatin remodelling complexes targets of bacterial effectors PopP2 & XopJ6 ? Check out our work at #2025ISMPMI ! P-163 presented Wednesday afternoon by my amazing PhD supervisors Laurent Deslandes & Valerie Pacquit. @lipme-toulouse.bsky.social @ismpmi.bsky.social
[#Meeting] 📢The annual scientific meeting of pHD students from #INRAE_SPE department is taking place at INRAE Toulouse
▶️A platform for exchange and collaboration between young researchers working on🥀plant health and environmental issues
▶️Oral presentations and poster session
▶️A friendly atmosphere !
▶️A platform for exchange and collaboration between young researchers working on🥀plant health and environmental issues
▶️Oral presentations and poster session
▶️A friendly atmosphere !
June 19, 2025 at 10:12 AM
[#Meeting] 📢The annual scientific meeting of pHD students from #INRAE_SPE department is taking place at INRAE Toulouse
▶️A platform for exchange and collaboration between young researchers working on🥀plant health and environmental issues
▶️Oral presentations and poster session
▶️A friendly atmosphere !
▶️A platform for exchange and collaboration between young researchers working on🥀plant health and environmental issues
▶️Oral presentations and poster session
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Les réserves de phosphate sont limitées, et sources (+ utilisées 🇫🇷) sont contaminées. Solutions : alliance entre les plantes et les champignons mycorhiziens à arbuscules, pour optimiser l’usage du phosphore de manière plus durable. #BenoitLefebvre #COST #Rootbenefit @lipme-toulouse.bsky.social
Les médecins deviennent-ils idéologues & gauchistes? Qnd nos parlementaires adopteront-ils une vraie politique de santé publique& arrêteront de soutenir un système agricole a bout de souffle, accompagnant alors sa transformation de manière juste pour l’intérêt de tous?
www.lemonde.fr/planete/arti...
www.lemonde.fr/planete/arti...
La France malade du cadmium, une « bombe sanitaire », alertent les médecins libéraux
Les Français, en particulier les enfants, sont massivement contaminés par ce cancérogène présent dans les engrais phosphatés, à travers la consommation de céréales, de pain ou de pâtes. Santé publique...
www.lemonde.fr
June 6, 2025 at 9:29 AM
Les réserves de phosphate sont limitées, et sources (+ utilisées 🇫🇷) sont contaminées. Solutions : alliance entre les plantes et les champignons mycorhiziens à arbuscules, pour optimiser l’usage du phosphore de manière plus durable. #BenoitLefebvre #COST #Rootbenefit @lipme-toulouse.bsky.social
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Love uncovering effector virulence strategies! 😀
Our work on PopP2 targeting core components of the PEAT chromatin-remodeling complexes is now out @theplantjournal.bsky.social.
doi.org/10.1111/tpj....
Our work on PopP2 targeting core components of the PEAT chromatin-remodeling complexes is now out @theplantjournal.bsky.social.
doi.org/10.1111/tpj....
Three ARID proteins involved in chromatin remodeling PEAT complexes are targeted by the Ralstonia solanacearum effector PopP2 and contribute to bacterial wilt disease
The Ralstonia solanacearum effector PopP2 is a YopJ family acetyltransferase. PopP2 is known to dampen basal immune responses by acetylating defensive WRKY transcription factors, and probably by targ...
doi.org
May 26, 2025 at 11:06 AM
Love uncovering effector virulence strategies! 😀
Our work on PopP2 targeting core components of the PEAT chromatin-remodeling complexes is now out @theplantjournal.bsky.social.
doi.org/10.1111/tpj....
Our work on PopP2 targeting core components of the PEAT chromatin-remodeling complexes is now out @theplantjournal.bsky.social.
doi.org/10.1111/tpj....
[#PhD]📢 Congrats to #Lea_Ninzatti who defends today his PhD successfully on "Artificial symbiont replacement in a vertically-transmitted plant🍃-bacterium🦠 association provides insights into the basis for specificity"
@acarlier.bsky.social
@inrae-dpt-spe.bsky.social
@cnrsbiologie.bsky.social
@acarlier.bsky.social
@inrae-dpt-spe.bsky.social
@cnrsbiologie.bsky.social
May 22, 2025 at 8:32 AM
[#PhD]📢 Congrats to #Lea_Ninzatti who defends today his PhD successfully on "Artificial symbiont replacement in a vertically-transmitted plant🍃-bacterium🦠 association provides insights into the basis for specificity"
@acarlier.bsky.social
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Quelle agriculture pour nourrir la planète 🌍 demain ❓
La transition #agroécologique au cœur du prochain podcast 🎙️ Détour vers le futur du Quai des savoirs
🗣️Avec Mathieu Hanemian et le projet de recherche CoCultures
⏰Sortie le 2/04
🙏Merci à @laurentchic.bsky.social et @ninadesjardins.bsky.social
La transition #agroécologique au cœur du prochain podcast 🎙️ Détour vers le futur du Quai des savoirs
🗣️Avec Mathieu Hanemian et le projet de recherche CoCultures
⏰Sortie le 2/04
🙏Merci à @laurentchic.bsky.social et @ninadesjardins.bsky.social
March 19, 2025 at 1:49 PM
Quelle agriculture pour nourrir la planète 🌍 demain ❓
La transition #agroécologique au cœur du prochain podcast 🎙️ Détour vers le futur du Quai des savoirs
🗣️Avec Mathieu Hanemian et le projet de recherche CoCultures
⏰Sortie le 2/04
🙏Merci à @laurentchic.bsky.social et @ninadesjardins.bsky.social
La transition #agroécologique au cœur du prochain podcast 🎙️ Détour vers le futur du Quai des savoirs
🗣️Avec Mathieu Hanemian et le projet de recherche CoCultures
⏰Sortie le 2/04
🙏Merci à @laurentchic.bsky.social et @ninadesjardins.bsky.social
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🌱 Le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) d'INRAE arrive sur Bluesky
🔬 Le département SPE est l’un des 14 départements de recherche #INRAE.
🌍 Il a pour principale finalité la protection et la santé des cultures dans le respect de l' #environnement, de la #plante au #paysage 🌿🐝🍒🌽🧪🧬
🔬 Le département SPE est l’un des 14 départements de recherche #INRAE.
🌍 Il a pour principale finalité la protection et la santé des cultures dans le respect de l' #environnement, de la #plante au #paysage 🌿🐝🍒🌽🧪🧬
March 20, 2025 at 3:26 PM
🌱 Le département Santé des Plantes et Environnement (SPE) d'INRAE arrive sur Bluesky
🔬 Le département SPE est l’un des 14 départements de recherche #INRAE.
🌍 Il a pour principale finalité la protection et la santé des cultures dans le respect de l' #environnement, de la #plante au #paysage 🌿🐝🍒🌽🧪🧬
🔬 Le département SPE est l’un des 14 départements de recherche #INRAE.
🌍 Il a pour principale finalité la protection et la santé des cultures dans le respect de l' #environnement, de la #plante au #paysage 🌿🐝🍒🌽🧪🧬
[#PhD] 🎓 Happy to listen to Anne Bennion's PhD defense on "Tracking the cellular reprogramming of #Sinorhizobium meliloti during root infection of #Medicago truncatula"
@fdecarvalhonie.bsky.social @cnrsbiologie.bsky.social @inrae-dpt-spe.bsky.social @synmikro.bsky.social
@fdecarvalhonie.bsky.social @cnrsbiologie.bsky.social @inrae-dpt-spe.bsky.social @synmikro.bsky.social
May 19, 2025 at 9:23 AM
[#PhD] 🎓 Happy to listen to Anne Bennion's PhD defense on "Tracking the cellular reprogramming of #Sinorhizobium meliloti during root infection of #Medicago truncatula"
@fdecarvalhonie.bsky.social @cnrsbiologie.bsky.social @inrae-dpt-spe.bsky.social @synmikro.bsky.social
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D-P-SCH project (@inrae-dpt-spe.bsky.social funded) generates high-quality de novo reference genomes for pests lacking data: the bean pod borer (Etiella zinckenella) 700Mb heterozygous genome assembled at chromosome level using optimized @nanoporetech.com long reads @lipme-toulouse.bsky.social
May 13, 2025 at 6:35 AM
D-P-SCH project (@inrae-dpt-spe.bsky.social funded) generates high-quality de novo reference genomes for pests lacking data: the bean pod borer (Etiella zinckenella) 700Mb heterozygous genome assembled at chromosome level using optimized @nanoporetech.com long reads @lipme-toulouse.bsky.social
[#Job]📢Join us ! We are recruiting a tenure-Track Junior Professor Chair to work on "Genetics and genomics of the attractiveness of #sunflowers🌻 to #pollinators 🐝" at LIPME, Toulouse
👉 More information: jobs.inrae.fr/en/tenure-tr...
👉 Apply until May 28th
@Langlade.bsky.social @lnl24.bsky.social
👉 More information: jobs.inrae.fr/en/tenure-tr...
👉 Apply until May 28th
@Langlade.bsky.social @lnl24.bsky.social
May 5, 2025 at 1:44 PM
[#Job]📢Join us ! We are recruiting a tenure-Track Junior Professor Chair to work on "Genetics and genomics of the attractiveness of #sunflowers🌻 to #pollinators 🐝" at LIPME, Toulouse
👉 More information: jobs.inrae.fr/en/tenure-tr...
👉 Apply until May 28th
@Langlade.bsky.social @lnl24.bsky.social
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👉 Apply until May 28th
@Langlade.bsky.social @lnl24.bsky.social
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Impressive first @nanoporetech.com cDNA sequencing run at @lipme-toulouse.bsky.social ! Over 90M full-length transcripts generated in just 54 hours from A. thaliana leaf samples. Thanks to Matilda from the QIP team for the sample preparation!
#Nanopore #LongReadSequencing #Transcriptomics
#Nanopore #LongReadSequencing #Transcriptomics
April 15, 2025 at 6:28 AM
Impressive first @nanoporetech.com cDNA sequencing run at @lipme-toulouse.bsky.social ! Over 90M full-length transcripts generated in just 54 hours from A. thaliana leaf samples. Thanks to Matilda from the QIP team for the sample preparation!
#Nanopore #LongReadSequencing #Transcriptomics
#Nanopore #LongReadSequencing #Transcriptomics
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🤩Heureux d'inaugurer le Pôle agro-biosciences B, nouvelle infrastructure pour la recherche de 3000m2
▶️Il réunit experts et outils de pointe pour renforcer l’interdisciplinarité dans l’étude des interactions des plantes avec leur environnement
💰 Une opération Toulouse Campus
📄 url.inrae.fr/3FMRuBZ
▶️Il réunit experts et outils de pointe pour renforcer l’interdisciplinarité dans l’étude des interactions des plantes avec leur environnement
💰 Une opération Toulouse Campus
📄 url.inrae.fr/3FMRuBZ
April 3, 2025 at 12:54 PM
🤩Heureux d'inaugurer le Pôle agro-biosciences B, nouvelle infrastructure pour la recherche de 3000m2
▶️Il réunit experts et outils de pointe pour renforcer l’interdisciplinarité dans l’étude des interactions des plantes avec leur environnement
💰 Une opération Toulouse Campus
📄 url.inrae.fr/3FMRuBZ
▶️Il réunit experts et outils de pointe pour renforcer l’interdisciplinarité dans l’étude des interactions des plantes avec leur environnement
💰 Une opération Toulouse Campus
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🔴Écoutez le dernier podcast 🎙️Détour vers le futur du Quai des savoirs sur le thème de l' #agroécologie
Quelle est cette alternative de production et quelles sont les conséquences sur nos modes de consommation et nos écosystèmes ?
🗣️ Avec Mathieu Hanemian et Tiphaine Chevalier
🎧 url.inrae.fr/3G3EXdt
Quelle est cette alternative de production et quelles sont les conséquences sur nos modes de consommation et nos écosystèmes ?
🗣️ Avec Mathieu Hanemian et Tiphaine Chevalier
🎧 url.inrae.fr/3G3EXdt
April 2, 2025 at 11:33 AM
🔴Écoutez le dernier podcast 🎙️Détour vers le futur du Quai des savoirs sur le thème de l' #agroécologie
Quelle est cette alternative de production et quelles sont les conséquences sur nos modes de consommation et nos écosystèmes ?
🗣️ Avec Mathieu Hanemian et Tiphaine Chevalier
🎧 url.inrae.fr/3G3EXdt
Quelle est cette alternative de production et quelles sont les conséquences sur nos modes de consommation et nos écosystèmes ?
🗣️ Avec Mathieu Hanemian et Tiphaine Chevalier
🎧 url.inrae.fr/3G3EXdt