We introduce Mapping-friendly Sequence Reduction (MSR) sketches, a sketching method for high-fidelity (HiFi) long reads, and Alice, an assembler that operates directly on these sketches. MSR produces ...

Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.

Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du projet Grand Défi Ferments du Futur, dont la durée prévisionnelle est ...