Alexis Groppi
@agroppi.bsky.social
Bioinformatician at CBiB - Centre de bioinformatique de Bordeaux, passionate (among other things!) about new technologies.
Dans le cadre de cette semaine de l'innovation, Lundi 24 après-midi, il y aura une visite de 2 plateformes historiques de l'Université de Bordeaux : Bordeaux Protéome et le CBiB.
www.u-bordeaux.fr/evenements/s...
www.u-bordeaux.fr/evenements/s...
November 21, 2025 at 1:31 PM
Dans le cadre de cette semaine de l'innovation, Lundi 24 après-midi, il y aura une visite de 2 plateformes historiques de l'Université de Bordeaux : Bordeaux Protéome et le CBiB.
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🎉 Le CBiB est désormais officiellement une Unité de Service de l'Université de Bordeaux (US Ubx 006), suite au vote du CA du 13 novembre. Une étape clé pour renforcer notre visibilité, nos collaborations scientifiques et nos projets nationaux. 🚀
@univbordeaux.bsky.social #CBiB #bioinfo
@univbordeaux.bsky.social #CBiB #bioinfo
November 21, 2025 at 9:41 AM
🎉 Le CBiB est désormais officiellement une Unité de Service de l'Université de Bordeaux (US Ubx 006), suite au vote du CA du 13 novembre. Une étape clé pour renforcer notre visibilité, nos collaborations scientifiques et nos projets nationaux. 🚀
@univbordeaux.bsky.social #CBiB #bioinfo
@univbordeaux.bsky.social #CBiB #bioinfo
Proud to have been part of the #EOSC4cancer project with the @univbordeaux.bsky.social and the @cnrsaquitaine.bsky.social (IBGC UMR CNRS 5095) @scienceinnovation.ec.europa.eu
rea.ec.europa.eu/research-and...
rea.ec.europa.eu/research-and...
Research and Artificial Intelligence
Research and Artificial Intelligence
rea.ec.europa.eu
October 9, 2025 at 8:28 AM
Proud to have been part of the #EOSC4cancer project with the @univbordeaux.bsky.social and the @cnrsaquitaine.bsky.social (IBGC UMR CNRS 5095) @scienceinnovation.ec.europa.eu
rea.ec.europa.eu/research-and...
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Journées IQuaRe du réseau IBiSA. Toujours un plaisir de retrouver les collègues RMQ et d'échanger, partager avec eux.
www.linkedin.com/posts/emmanu...
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Top départ des journées IQuaRE!
2 jours pendants lesquels les Responsables du Management de la Qualité des plateformes GIS IBiSA certifiées ISO 9001 et NF X 50-900 se retrouvent pour échanger autour… ...
Top départ des journées IQuaRE!
2 jours pendants lesquels les Responsables du Management de la Qualité des plateformes GIS IBiSA certifiées ISO 9001 et NF X 50-900 se retrouvent pour échanger autour d...
www.linkedin.com
October 8, 2025 at 8:45 AM
Journées IQuaRe du réseau IBiSA. Toujours un plaisir de retrouver les collègues RMQ et d'échanger, partager avec eux.
www.linkedin.com/posts/emmanu...
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Et le serpent se mord la queue ! 😱
emploi.developpez.com/actu/375598/...
Les jeunes utilisent ChatGPT pour rédiger leurs CV, les RH utilisent l'IA pour les lire et personne n'est embauché : quand les IA se parlent entre elles et tuent le marché de l'emploi.
emploi.developpez.com/actu/375598/...
Les jeunes utilisent ChatGPT pour rédiger leurs CV, les RH utilisent l'IA pour les lire et personne n'est embauché : quand les IA se parlent entre elles et tuent le marché de l'emploi.
September 11, 2025 at 1:28 PM
Et le serpent se mord la queue ! 😱
emploi.developpez.com/actu/375598/...
Les jeunes utilisent ChatGPT pour rédiger leurs CV, les RH utilisent l'IA pour les lire et personne n'est embauché : quand les IA se parlent entre elles et tuent le marché de l'emploi.
emploi.developpez.com/actu/375598/...
Les jeunes utilisent ChatGPT pour rédiger leurs CV, les RH utilisent l'IA pour les lire et personne n'est embauché : quand les IA se parlent entre elles et tuent le marché de l'emploi.
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Keynote de Björn Grüning à #JOBIM2025 : #Galaxy, plateforme et workflows clés pour une bioinfo ouverte, accessible et reproductible. #GalaxyProject #bioinfo
@ifb-elixir-fr.bsky.social @sfbi.fr @jobim2025.bsky.social
@ifb-elixir-fr.bsky.social @sfbi.fr @jobim2025.bsky.social
July 10, 2025 at 2:00 PM
Keynote de Björn Grüning à #JOBIM2025 : #Galaxy, plateforme et workflows clés pour une bioinfo ouverte, accessible et reproductible. #GalaxyProject #bioinfo
@ifb-elixir-fr.bsky.social @sfbi.fr @jobim2025.bsky.social
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Le jeudi 18 septembre, le Département Sciences Biologiques et Médicales organise une matinée d’échanges et de découvertes au bâtiment BBS.
📖 Pour en savoir plus :
🔗https://sbm.u-bordeaux.fr/actualites/le-salon-des-plateformes-une-matinee-pour-decouvrir-et-echanger
📖 Pour en savoir plus :
🔗https://sbm.u-bordeaux.fr/actualites/le-salon-des-plateformes-une-matinee-pour-decouvrir-et-echanger
July 10, 2025 at 7:25 AM
Le jeudi 18 septembre, le Département Sciences Biologiques et Médicales organise une matinée d’échanges et de découvertes au bâtiment BBS.
📖 Pour en savoir plus :
🔗https://sbm.u-bordeaux.fr/actualites/le-salon-des-plateformes-une-matinee-pour-decouvrir-et-echanger
📖 Pour en savoir plus :
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Martin Racoupeau also presented a poster about Pan1c: forge.inrae.fr/genotoul-bio... at #jobim2025.
genotoul-bioinfo / Pan1c / Pan1c · GitLab
GitLab Community Edition
forge.inrae.fr
July 10, 2025 at 7:50 AM
Martin Racoupeau also presented a poster about Pan1c: forge.inrae.fr/genotoul-bio... at #jobim2025.
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Yesterday 2 more posters were presented in #jobim2025.
Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.
Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.
July 10, 2025 at 7:54 AM
Yesterday 2 more posters were presented in #jobim2025.
Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.
Aldair Martinez presented his poster on the recombination of the avian influenza virus and Christophe Klopp presented the work of Adela Poublan-Couzardot on the assembly of Medicago sativa. We have another poster today number 194 about Snoboard.
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✅ Retrouvez également l'interview des deux porteurs de CAP BIOSPACE, les chercheurs Jean-Luc Morel et Jean-François Quignard : www.u-bordeaux.fr/ac...
CAP-BIOSPACE va former les professionnels de la biologie spatiale
L’université de Bordeaux franchit une nouvelle étape dans son programme Compétences et métiers d’avenir avec le lancement de CAP-BIOSPACE.
www.u-bordeaux.fr
July 10, 2025 at 11:00 AM
✅ Retrouvez également l'interview des deux porteurs de CAP BIOSPACE, les chercheurs Jean-Luc Morel et Jean-François Quignard : www.u-bordeaux.fr/ac...
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Le projet CAP BIOSPACE a été officiellement lancé il y a peu dans le cadre du Salon international de l’Aéronautique et de l’Espace afin de structurer une offre de formation interdisciplinaire, du secondaire au doctorat, en biologie & santé spatiale - découvrez le projet : www.u-bordeaux.fr/un...
July 10, 2025 at 11:00 AM
Le projet CAP BIOSPACE a été officiellement lancé il y a peu dans le cadre du Salon international de l’Aéronautique et de l’Espace afin de structurer une offre de formation interdisciplinaire, du secondaire au doctorat, en biologie & santé spatiale - découvrez le projet : www.u-bordeaux.fr/un...
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BEAST X for Bayesian phylogenetic, phylogeographic and phylodynamic inference www.nature.com/articles/s41... 🧬🖥️🧪 github.com/beast-dev/be...
July 9, 2025 at 3:31 PM
BEAST X for Bayesian phylogenetic, phylogeographic and phylodynamic inference www.nature.com/articles/s41... 🧬🖥️🧪 github.com/beast-dev/be...
🧬 New R package from our team!
SeuratIntegrate for application&comparison of multiple single-cell integration methods (Seurat, Harmony, LIGER, scVI…)—in Seurat.
Led by Domitille Chalopin, developed by Florian Specque
🔗 bordeaux-bioinformatics.fr/seuratintegr...
#scRNAseq #Bioinformatics #RStats
SeuratIntegrate for application&comparison of multiple single-cell integration methods (Seurat, Harmony, LIGER, scVI…)—in Seurat.
Led by Domitille Chalopin, developed by Florian Specque
🔗 bordeaux-bioinformatics.fr/seuratintegr...
#scRNAseq #Bioinformatics #RStats
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
Available on GitHub (cbib/Seurat-Integrate) and complemented by online documentation, examples, tutorials, and more. To bring the power of Scanorama, BBKNN, scVI and others to Seurat, give it a try!
bordeaux-bioinformatics.fr
June 20, 2025 at 1:43 PM
🧬 New R package from our team!
SeuratIntegrate for application&comparison of multiple single-cell integration methods (Seurat, Harmony, LIGER, scVI…)—in Seurat.
Led by Domitille Chalopin, developed by Florian Specque
🔗 bordeaux-bioinformatics.fr/seuratintegr...
#scRNAseq #Bioinformatics #RStats
SeuratIntegrate for application&comparison of multiple single-cell integration methods (Seurat, Harmony, LIGER, scVI…)—in Seurat.
Led by Domitille Chalopin, developed by Florian Specque
🔗 bordeaux-bioinformatics.fr/seuratintegr...
#scRNAseq #Bioinformatics #RStats
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📻 Pour sa chronique sur @franceinter.fr, Thierry Lhermitte est allé à @incia-neurocampus.bsky.social , où Muriel Thoby-Brisson et Marion Tissier-Raffin unissent leurs expertises en biologie et en droit pour explorer les impacts de l’environnement sur la santé humaine :
www.radiofrance.fr/f...
www.radiofrance.fr/f...
Projet de Muriel Thoby-Brisson et Marion Tissier-Raffin
Thierry Lhermitte a visité l’Institut des Neurosciences Cognitives de Bordeaux, où deux chercheuses unissent leurs expertises en biologie et en droit pour explorer les impacts de l’environnement sur la santé humaine.
www.radiofrance.fr
June 17, 2025 at 11:05 AM
📻 Pour sa chronique sur @franceinter.fr, Thierry Lhermitte est allé à @incia-neurocampus.bsky.social , où Muriel Thoby-Brisson et Marion Tissier-Raffin unissent leurs expertises en biologie et en droit pour explorer les impacts de l’environnement sur la santé humaine :
www.radiofrance.fr/f...
www.radiofrance.fr/f...
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Laurent Groc presenting at the @academiesciences.bsky.social @iins-bordeaux.bsky.social @neurobordeaux.bsky.social
June 17, 2025 at 1:09 PM
Laurent Groc presenting at the @academiesciences.bsky.social @iins-bordeaux.bsky.social @neurobordeaux.bsky.social
New preprint from our lab! TrialMatchAI an AI-driven patient-to-trial matching system, with outstanding work by
Majd Abdallah. arxiv.org/abs/2505.085...
It uses fine-tuned LLMs + medical chain-of-thought reasoning.
#LLM #ClinicalTrials #PrecisionMedicine #TrialMatchAI #Bioinformatics
Majd Abdallah. arxiv.org/abs/2505.085...
It uses fine-tuned LLMs + medical chain-of-thought reasoning.
#LLM #ClinicalTrials #PrecisionMedicine #TrialMatchAI #Bioinformatics
TrialMatchAI: An End-to-End AI-powered Clinical Trial Recommendation System to Streamline Patient-to-Trial Matching
Patient recruitment remains a major bottleneck in clinical trials, calling for scalable and automated solutions. We present TrialMatchAI, an AI-powered recommendation system that automates patient-to-...
arxiv.org
May 14, 2025 at 9:49 AM
New preprint from our lab! TrialMatchAI an AI-driven patient-to-trial matching system, with outstanding work by
Majd Abdallah. arxiv.org/abs/2505.085...
It uses fine-tuned LLMs + medical chain-of-thought reasoning.
#LLM #ClinicalTrials #PrecisionMedicine #TrialMatchAI #Bioinformatics
Majd Abdallah. arxiv.org/abs/2505.085...
It uses fine-tuned LLMs + medical chain-of-thought reasoning.
#LLM #ClinicalTrials #PrecisionMedicine #TrialMatchAI #Bioinformatics
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Harvard has set an example for other higher-ed institutions - rejecting an unlawful and ham-handed attempt to stifle academic freedom, while taking steps to make sure students can benefit from an environment of intellectual inquiry, rigorous debate and mutual respect. Let’s hope others follow suit.
April 15, 2025 at 3:52 AM
Harvard has set an example for other higher-ed institutions - rejecting an unlawful and ham-handed attempt to stifle academic freedom, while taking steps to make sure students can benefit from an environment of intellectual inquiry, rigorous debate and mutual respect. Let’s hope others follow suit.
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Combining DNA and protein alignments to improve genome annotation with LiftOn genome.cshlp.org/content/35/2... 🧬🖥️🧪 github.com/Kuanhao-Chao...
March 4, 2025 at 4:30 PM
Combining DNA and protein alignments to improve genome annotation with LiftOn genome.cshlp.org/content/35/2... 🧬🖥️🧪 github.com/Kuanhao-Chao...
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A partir de demain et tout le WE, c’est la collecte des Restos du cœur.
La collecte en 2024 c'est l'équivalent de 9 millions de repas sur les 163 distribués, cela représente donc une part très importantante des ressources de l'association.
La collecte en 2024 c'est l'équivalent de 9 millions de repas sur les 163 distribués, cela représente donc une part très importantante des ressources de l'association.
March 6, 2025 at 9:01 PM
A partir de demain et tout le WE, c’est la collecte des Restos du cœur.
La collecte en 2024 c'est l'équivalent de 9 millions de repas sur les 163 distribués, cela représente donc une part très importantante des ressources de l'association.
La collecte en 2024 c'est l'équivalent de 9 millions de repas sur les 163 distribués, cela représente donc une part très importantante des ressources de l'association.
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A good candidate for an Ig-Nobel 🏆
February 11, 2025 at 11:03 AM
A good candidate for an Ig-Nobel 🏆
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Foundation models in bioinformatics https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaf028/7979309 🧬🖥️🧪
January 30, 2025 at 4:30 PM
Foundation models in bioinformatics https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaf028/7979309 🧬🖥️🧪
GPTCelltype: Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis nature.com/articles/s41...
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis - Nature Methods
This study evaluates the performance of GPT-4 in single-cell type annotation.
nature.com
January 31, 2025 at 1:18 PM
GPTCelltype: Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis nature.com/articles/s41...