Windows11 24H2適用後、すぐ降りてきている「2024-09x64 ベース システム用 Windows 11 Version 24H2 の累積更新プログラム (KB5043178)」を適用しましたが、事象は改善されませんでした
しばらく、このまま様子を見て、改善されるような手段や、アップデート情報があればまたお伝えしますね（人柱）

スケーリング「175%」だと、微妙にクリック位置がズレるので、Windows側の仕様変更なのか、不具合なのか不明ですが、何か一定のスケーリング関連のロジックにFMP7側が影響を受けている感じがしますね。

一旦、FMP7のアプリだけ、スケーリング100%で動作するよう個別設定する方法です。
FMP7.exeを右クリックし、「プロパティ」を選択、「互換性」タブをクリック後、下の画像の通り設定してみてください。

Windows用FM音源ドライバ「FMP7」は、これを使って作ってくださった曲をツマミに皆で美味しいお酒が呑みたいという製作者の意向を反映させたドライバだった記憶があります。
そのためMML形式で、プリセット音色も無しという過去にFMPを使ったことがある人向けの仕様になっていて、それ以外の入力形式（例えばステップ入力とか）には対応せず、そういうのは他の製作者の方で支援ツールを作るなりしてお任せします！という考え方だったように思います。
なので自分は、ツールを作ったりはできないので、新規にFMP7を使いたい(MMLを学びたい）という人向けにブログというやり方で支援させてもらったという感じです。