魂を与えられたぬいぐるみに性別は宿るのかというような話になりそうなので、ヌイは個人の解釈に委ねられそうな部分が多そうだな〜と思っています。
作中のヌイの振る舞いは中性的な印象を受けるので、個人的には本人は性別に頓着していない解釈ですかね…。

ただ二つ名の御針子は基本的に女性を指すワードのようなので、公式に何かしらの意図はあるのかも…ないのかも…「そういう形をしたぬいぐるみ」というか…？