Y se puede leer el preprint aquí: arxiv.org/abs/2504.16325

El link al artículo es éste: doi.org/10.1116/6.00...

Esto ha sido generado gracias al #CONICET, #UNAJ, #UTN. Ciencia y Educación pública. ¡Gracias por leer!. #Biofísica #Proteínas #SimulaciónMolecular (14/14: ¡FIN!)

A bajas concentraciones, la urea desplaza las moléculas de agua; a concentraciones más altas, la urea se auto-asocia para formar agregados, lo que limita las interacciones directas con la proteína y puede promover una rehidratación parcial (13/14)

En Conclusión: este estudio muestra que la urea principalmente desestabiliza la estructura terciaria de la BSA, mientras que la estructura secundaria, especialmente las α-hélices, se mantiene resiliente. (12/14)

Resultados 6: la introducción de urea lleva a un aumento en la exposición de la proteína al solvente, que puede superar el 9% a 4 M. El Dominio 2 de la BSA muestra la mayor propensión a la exposición superficial, mientras que el Dominio 3 es el más afectado por la concentración de urea (11/14)

Resultados 5: la mayoría de las concentraciones de urea reducen el RMSD (Desviación Cuadrática Media) en comparación con el estado nativo de la proteína, indicando estabilización estructural. Pero, a 2 M de urea, el RMSD aumenta, sugiriendo una desviación y desestabilización estructural (10/14)

Resultados 4: el radio de giro promedio de la proteína aumenta modestamente con la concentración de urea, con un incremento notable a 2 M. Este cambio, de no más del 6%, sugiere solo alteraciones conformacionales menores. (9/14)

Resultados 3: aunque el agua puede seguir cerca del centro de masa de la proteína, la urea altera la capa de hidratación externa. A medida que aumenta la concentración de urea, la presencia de urea cerca de la proteína disminuye, sugiriendo una redistribución hacia el solvente en el *bulk* (8/14)

Resultados 2: a concentraciones más altas (especialmente >3 M), las moléculas de urea tienden a agregarse y formar una red de HBs más interconectada. Esta tendencia a la auto-interacción se vuelve dominante, limitando las interacciones directas con la proteína (7/14)

Sin embargo, el número total de HBs formados por la proteína se mantiene casi constante. Esto sugiere un ciclo de deshidratación-rehidratación de la BSA inducido por la urea (6/14)

Resultados 1: la presencia de urea provoca una marcada reducción en los HBs (puentes de hidrógeno) entre la proteína y el agua (hasta un 45% a altas concentraciones). Esta disminución es compensada por un aumento en los HBs entre la proteína y la urea. (5/14)

Hicimos varias simulaciones: un sistema de control sin urea, luego con urea insertada aleatoriamente en la configuración de BSA ya equilibrada, creando cinco cajas de simulación con diferentes concentraciones. Generamos trayectorias de 500 ns y 8 réplicas de 10 ns para cada concentración. (4/14)

¿Cómo estudiamos esto? Con simulaciones de Dinámica Molecular (MD), estudiamos la BSA (su isoforma N a pH 6.5) en soluciones acuosas con concentraciones de urea que variaron de 0 M a 5 M. Usamos el modelo SPC/E de agua, de Boek para la urea y la BSA del Protein Data Bank. (3/14)

¿Cuál era el problema a analizar? 🤔 Entender cómo la urea, un agente desnaturalizante, interactúa a nivel molecular con las proteínas para desestabilizarlas y alterar su estructura. La investigación se centró en la BSA, una proteína que puede sufrir cambios conformacionales reversibles. (2/14)