誤答が偏ったのは、
７：正解①４５％、②に４１％…甑の判断
１１：正解⑥４１％、⑧に２２％…イ（三代実録の収録内容）
１６：正解④４９％、②に２９％…下地中分を「実力で解決」と見た
１９：正解③６１％、①に２５％…Ｘ（来航船減少の判断）
２２：正解④５２％、②に３６％…ア（箱館か兵庫か）
２３：正解②５４％、①に４０％…Ｙ（関税率引き下げ）
２７：正解④２８％、①に４１％…不戦条約は幣原外交説
２８：正解③５５％、①に３７％…満鉄「以外」の見落とし
３１：正解④３３％、⑥に３５％…Ⅰ（沖縄返還）は分かった
３２：正解②５２％、①に２６％…ア（インドとソ連）は分かった

正解率が５割を切ったのは、
マーク１（４９％：仲麻呂年表）、３（３４％：楽市）、７（４５％：甑）、１１（４１％：８択），１２（２６％：中世３順）、１３（２８％：徳政令），１６（４９％：実力社会中世）、１８（３８％：鎖国禁教３順），２７（２８％：不戦条約），３１（３３％：戦後日米３順）です。

→以上から予測されることは、来春入試の「日本史探究」は、知識量的にも出題傾向的にも「日本史Ｂ」のままの可能性が高い。
しかしそれは、現役生的には、どこの教科書にも出ていない事項が出される危険性があることになる。もちろん重箱の隅的な用語は無視していいのだが、旧課程で割と出題が多かった事項で、新課程では教科書から消えているものは注意が必要ではないかと思う。
そもそも出題側が、新過程の教科書を確認してくれるかどうかが怪しい…。

以前から、同志社の問題は統一性がなく、実はかなりの多人数で作問しているのではないかと疑っています。
また「足利義満作問ミス」で、山川の用語集にかなり依拠していることもバレました。
果たして大学の先生がどのくらい関わっておられることやら…

旧過程では山川詳説の冒頭の口絵写真にあったのですが、新課程では口絵写真そのものがなくなったので消えてしまいました。

おっしゃる通りで、授業では天橋立図の方に力点置いて説明してしまいます（笑）。国宝だし。逆に、資料集などでの扱いが小さいのが不思議です。

日本史はなんでも日本視点なので、倭寇が…という脈絡で説明してしまいがちです。
歴史総合で清の海禁政策をやりますから、倭寇関係ない海禁があると分かるのですが、大学側はとうでしょうね。