はじめての環境DNA
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X: https://x.com/eDNA_startup
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Nanopore R10 simplexリードとPacBio HiFiリードに対応したde novoメタゲノムアセンブラー myloasm に関する記事を作成しました。
導入から実行・簡単なデータQCまで実施しています。
#はじ環
zenn.dev/edna_startup...
導入から実行・簡単なデータQCまで実施しています。
#はじ環
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Myloasm: ナノポアリードとHiFiリードの両方に対応したde novoメタゲノムアセンブラー
zenn.dev
October 26, 2025 at 4:42 PM
Nanopore R10 simplexリードとPacBio HiFiリードに対応したde novoメタゲノムアセンブラー myloasm に関する記事を作成しました。
導入から実行・簡単なデータQCまで実施しています。
#はじ環
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導入から実行・簡単なデータQCまで実施しています。
#はじ環
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主にバクテリアやアーキア、ウイルスを対象に、タンパク質配列を用いた生物種推定を行う系統分類ツール Kaijuを使ってみたという記事を作成しました。
インストールから実行、簡単な視覚化までを実施しています。
#はじ環 #zenn
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インストールから実行、簡単な視覚化までを実施しています。
#はじ環 #zenn
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Kaijuによる生物種推定
zenn.dev
August 19, 2025 at 12:25 PM
主にバクテリアやアーキア、ウイルスを対象に、タンパク質配列を用いた生物種推定を行う系統分類ツール Kaijuを使ってみたという記事を作成しました。
インストールから実行、簡単な視覚化までを実施しています。
#はじ環 #zenn
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インストールから実行、簡単な視覚化までを実施しています。
#はじ環 #zenn
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また、合わせてワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事、第二弾を作成しました。
configファイルについてと、自作singularityコンテナイメージを使ったワークフローの実行についてです。興味がありましたら見てみてください。
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#はじ環 #zenn
configファイルについてと、自作singularityコンテナイメージを使ったワークフローの実行についてです。興味がありましたら見てみてください。
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Nextflowの勉強2
zenn.dev
May 6, 2025 at 4:44 PM
また、合わせてワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事、第二弾を作成しました。
configファイルについてと、自作singularityコンテナイメージを使ったワークフローの実行についてです。興味がありましたら見てみてください。
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#はじ環 #zenn
configファイルについてと、自作singularityコンテナイメージを使ったワークフローの実行についてです。興味がありましたら見てみてください。
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#はじ環 #zenn
ワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事を作成しました。
機能多すぎて必要なところだけ簡単にさらった程度ですが興味があれば見てみてください。
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#はじ環 #zenn
機能多すぎて必要なところだけ簡単にさらった程度ですが興味があれば見てみてください。
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#はじ環 #zenn
Nextflowの勉強1
zenn.dev
May 6, 2025 at 4:44 PM
ワークフローツールのNextflowについてちょっと勉強した記事を作成しました。
機能多すぎて必要なところだけ簡単にさらった程度ですが興味があれば見てみてください。
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#はじ環 #zenn
機能多すぎて必要なところだけ簡単にさらった程度ですが興味があれば見てみてください。
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#はじ環 #zenn
アセンブリベースのショットガンメタゲノムパイプライン SqueezeMetaがv1.7.0に更新されていたので環境構築から、最新のGTDBを使った実行、簡単なオプションの確認をしてみた記事を作成しました。
#はじ環 #zenn
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SqueezeMeta v1.7.0: 多機能なメタゲノム解析パイプライン
zenn.dev
April 26, 2025 at 2:08 PM
アセンブリベースのショットガンメタゲノムパイプライン SqueezeMetaがv1.7.0に更新されていたので環境構築から、最新のGTDBを使った実行、簡単なオプションの確認をしてみた記事を作成しました。
#はじ環 #zenn
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ディープラーニングをベースとしたビニングツールであるGenomeFaceを動かしてみた記事を作成しました。
原著論文やベンチマーク論文では、高速に高精度なBinを生成しており着目するに値するツールだと思います。
#はじ環
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原著論文やベンチマーク論文では、高速に高精度なBinを生成しており着目するに値するツールだと思います。
#はじ環
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GenomeFace: 43,000個の微生物ゲノムでトレーニングされたディープラーニングベースのメタゲノムビナー
zenn.dev
March 23, 2025 at 11:31 PM
ディープラーニングをベースとしたビニングツールであるGenomeFaceを動かしてみた記事を作成しました。
原著論文やベンチマーク論文では、高速に高精度なBinを生成しており着目するに値するツールだと思います。
#はじ環
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原著論文やベンチマーク論文では、高速に高精度なBinを生成しており着目するに値するツールだと思います。
#はじ環
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ホモログ(相同遺伝子)活用して、リファレンスゲノム配列と既知のアノテーション情報から新規ゲノム配列の遺伝子構造を予測することができるGeMoMaを動かしてみた記事を作成しました。
1Gbp未満のアユゲノムで5時間程度の実行時間に収まりました。
#はじ環
zenn.dev/edna_startup...
1Gbp未満のアユゲノムで5時間程度の実行時間に収まりました。
#はじ環
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GeMoMa: リファレンスの遺伝子構造情報などから相同性に基づき対象種の遺伝子を予測してアノテーションする
zenn.dev
December 5, 2024 at 12:47 AM
ホモログ(相同遺伝子)活用して、リファレンスゲノム配列と既知のアノテーション情報から新規ゲノム配列の遺伝子構造を予測することができるGeMoMaを動かしてみた記事を作成しました。
1Gbp未満のアユゲノムで5時間程度の実行時間に収まりました。
#はじ環
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1Gbp未満のアユゲノムで5時間程度の実行時間に収まりました。
#はじ環
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野外で産卵期のアユ🐟を対象に、多段階フィルタリングと核/ミトコン比を組み合わせて、精子由来の #環境DNA を半選択的に収集できる可能性と、産卵による環境DNA濃度上昇の時間的影響範囲について調べた研究が公開されました！
link.springer.com/article/10.1...
link.springer.com/article/10.1...
Particle size distribution shift and diurnal concentration changes of environmental DNA caused by fish spawning behaviour - Landscape and Ecological Engineering
Spawning is one of the most significant aspects of fish life history, so understanding spawning is critical for the conservation and management of species. Recently, an efficient and non-invasive spaw...
link.springer.com
December 5, 2024 at 12:01 AM
野外で産卵期のアユ🐟を対象に、多段階フィルタリングと核/ミトコン比を組み合わせて、精子由来の #環境DNA を半選択的に収集できる可能性と、産卵による環境DNA濃度上昇の時間的影響範囲について調べた研究が公開されました！
link.springer.com/article/10.1...
link.springer.com/article/10.1...