あくまでパラドックス=矛盾のような意味なので、「本来この時代にいるはずのない、いてはならないポケモン」っていう意味では？と思います
実際フトゥー/オーリムを過去からテラパゴスは連れてきて一時的に主人公と対話させることができているわけですし...