Так, відформатуйте через AOMEI і через isoшник поставте

Теж бувало що записуючи з mct вилазила різна фігня, тому користуюсь сторонніми засобами. А з лінуксом було цікаве, після створення флешки у вінді відображався тільки лоадер 2,5мб а іншу частину флешки вінда просто не бачила.

Скачайте AOMEI Partition Assistant і гляньте що там показує, там можна і форматнути.
І чим записували на флешку? Рекомендую Rufus, там без гемору це робиться.