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The GenoToul bioinformatics platform, Sigenae and SaAB (MIAT) offers a catalog of training sessions. If you need bio-informatic training on tools which are not covered in the existing catalog please f...

GitLab Community Edition

Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.

IR25-MATHNUM-1 - La plate-forme bio-informatique Genotoul est une équipe de l'Unité MIAT (Mathématiques et Informatique Appliquées INRAE Toulouse). Elle est un membre actif du GIS Genotoul et contribue à développer les ressources nécessaires aux avancées des programmes scientifiques, accompagne les collaborateurs biologistes pour leurs analyses ainsi que les plates-formes de production de données sur l'hébergement de leurs systèmes d'information. Elle contribue à l'animation scientifique et à la formation en informatique, bioinformatique et statistique. Elle est équipée d'une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante pour la communauté bio-informatique. En 2024, elle héberge près de 1050 comptes utilisateurs, maintient plus de 800 logiciels du domaine, et met à jour régulièrement plus de 140 banques de données. Elle contribue aux projets de recherche par l'industrialisation de certains traitements (RNAseq, assemblage, annotation et métagénomique), l'accompagnement à la mise en oeuvre de nouvelles technologies dans le cadre de projets innovants et le soutien à la résolution de questions spécifiques nécessitant des développements originaux. Vous serez en charge de répondre aux besoins croissants concernant l’analyse et l’intégration de données omiques multi-échelles. Vous interviendrez en particulier dans les projets dont la complexité du plan expérimental ou du type de données acquises nécessite une expertise en statistique. Vous serez aussi en charge de développer des outils et des méthodes d'analyses statistiques et de modélisation à partir de jeux de données hétérogènes issues d'analyses phénotypiques (éventuellement haut débit), transcriptomique, protéomique, métabolomique, etc. acquises sur les mêmes individus pour automatiser certaines analyses statistiques récurrentes, qu’elles soient standard ou avancées. En outre, vous interviendrez sur :- la formation en statistique et plus généralement en « data science » (incluant des aspects de programmation) des biologistes du centre INRAE Toulouse Occitanie ;- la formation aux bonnes pratiques de programmation avancée R ;- l’appui aux biologistes sur l'intégralité du cycle de vie de la donnée ;- la veille scientifique pour l’intégration de données et l’analyse des nouveaux types de données qui seront produites par le séquençage haut-débit dans les prochaines années ;- la définition des procédures qualité liées à ces activités, leur rédaction et leur mise en œuvre.

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A fast and accurate binning refinement tool to constructs high quality MAGs from the output of multiple binning tools. - genotoul-bioinfo/Binette

01/12/2025 @ 9 h 00 - 17 h 00 - This training session is organized by the Genotoul bioinfo platform and aims at learning nf-core workflow submission, error understanding, resuming jobs and ressource reservation. We will present and practice: the Nextflow software the nf-core community and pipelines What is a singularity image ? Where are installed the nf-core workflows ? Which version do I use [...]

Many plants interact symbiotically with arbuscular mycorrhizal (AM) fungi to enhance inorganic phosphorus uptake, and legumes also develop a nodule symbiosis with rhizobia for nitrogen acquisition. Establishment and functioning of both symbioses rely on a common plant signaling pathway activated by structurally related Myc- and Nod-factors. Recently, a SPARK Receptor-like-Kinase (RLK)/Receptor-like Cytoplasmic Kinase (RLCK) complex was shown to be essential for AM in both monocot and dicot plants. Here, we show that in Aeschynomene legumes the RLCK component of this receptor complex has evolved following a gene duplication event and mediates a unique nodule symbiosis that is independent of rhizobial Nod factors. In Aeschynomene evenia , AeRLCK2 is crucial for nodule initiation but not for AM. Additionally, AeRLCK2 physically interacts with and is phosphorylated by the Cysteine-rich RLK, AeCRK, also required for nodulation. This work reveals a novel evolutionary origin of this Nod-independent symbiosis from AM. ### Competing Interest Statement The authors have declared no competing interest.