Sekiya.A
@asats.bsky.social
胚と胚体外を気にしてる人(PD)。
D.V.M., Ph.D / Epigenetics / Embryology / Bioinfomatics
D.V.M., Ph.D / Epigenetics / Embryology / Bioinfomatics
既に4回ほど試したのだが、10xと比較した時の
良い点
・圧倒的に安い。試薬キットだけなら1/4、シーケンスも混みなら半額以下にまで抑えられる。1万細胞を約20万で解析可能。
・クラスタリングや細胞タイプ(およびサブタイプ)、DEGの検出力は同程度
・追加のキット無しでmultiplexが可能。(これは保証外だけど)
惜しい点
・おそらく技術的限界として、検出遺伝子数が1000ほど低い。そのため、微妙な発現量の転写因子は検出できない。
・バックグラウンド(非細胞性のRNA検出)が高い。しかしこれは下流の解析で除去可能。
良い点
・圧倒的に安い。試薬キットだけなら1/4、シーケンスも混みなら半額以下にまで抑えられる。1万細胞を約20万で解析可能。
・クラスタリングや細胞タイプ(およびサブタイプ)、DEGの検出力は同程度
・追加のキット無しでmultiplexが可能。(これは保証外だけど)
惜しい点
・おそらく技術的限界として、検出遺伝子数が1000ほど低い。そのため、微妙な発現量の転写因子は検出できない。
・バックグラウンド(非細胞性のRNA検出)が高い。しかしこれは下流の解析で除去可能。
illuminaのPIP-seqなるもので、うまくいけば10xの1/3以下のコストに…！
December 4, 2025 at 4:15 PM
既に4回ほど試したのだが、10xと比較した時の
良い点
・圧倒的に安い。試薬キットだけなら1/4、シーケンスも混みなら半額以下にまで抑えられる。1万細胞を約20万で解析可能。
・クラスタリングや細胞タイプ(およびサブタイプ)、DEGの検出力は同程度
・追加のキット無しでmultiplexが可能。(これは保証外だけど)
惜しい点
・おそらく技術的限界として、検出遺伝子数が1000ほど低い。そのため、微妙な発現量の転写因子は検出できない。
・バックグラウンド(非細胞性のRNA検出)が高い。しかしこれは下流の解析で除去可能。
良い点
・圧倒的に安い。試薬キットだけなら1/4、シーケンスも混みなら半額以下にまで抑えられる。1万細胞を約20万で解析可能。
・クラスタリングや細胞タイプ(およびサブタイプ)、DEGの検出力は同程度
・追加のキット無しでmultiplexが可能。(これは保証外だけど)
惜しい点
・おそらく技術的限界として、検出遺伝子数が1000ほど低い。そのため、微妙な発現量の転写因子は検出できない。
・バックグラウンド(非細胞性のRNA検出)が高い。しかしこれは下流の解析で除去可能。
流石にレビュアーも理解はしてくれるだろうけど、なんとか再開してくれると良いな。
何よりNCBI職員が大変だろうな、がんばれ。
何よりNCBI職員が大変だろうな、がんばれ。
October 9, 2025 at 1:10 AM
流石にレビュアーも理解はしてくれるだろうけど、なんとか再開してくれると良いな。
何よりNCBI職員が大変だろうな、がんばれ。
何よりNCBI職員が大変だろうな、がんばれ。
やられた…NCBIが停止してるのでGEOのデータ登録も出来ない…勘弁してくれ…
October 9, 2025 at 1:09 AM
やられた…NCBIが停止してるのでGEOのデータ登録も出来ない…勘弁してくれ…
獣医知識と産婦人科知識がごっちゃになって、妻に「妊婦ってアボガド食べていいんだっけ？」と聞くなどした。
September 28, 2025 at 2:20 PM
獣医知識と産婦人科知識がごっちゃになって、妻に「妊婦ってアボガド食べていいんだっけ？」と聞くなどした。
最近のコメダはソフトクリームまで異常な盛り方してる
July 25, 2025 at 7:16 AM
最近のコメダはソフトクリームまで異常な盛り方してる
俺は大谷翔平と同学年だし、俺の子供も大谷翔平と同学年になる。いつかどこかで出会うかも。多分PTAとかで。
July 4, 2025 at 7:04 AM
俺は大谷翔平と同学年だし、俺の子供も大谷翔平と同学年になる。いつかどこかで出会うかも。多分PTAとかで。
一日一個Figure作って、1 paragraph書けば、論文がすぐ出来上がるのでは…？
June 30, 2025 at 5:28 PM
一日一個Figure作って、1 paragraph書けば、論文がすぐ出来上がるのでは…？
久々にThe greatest showmanを観たわけだが、やはり完成度が高すぎる。1曲目の高揚感だけでちょっと疲れるレベル。
June 21, 2025 at 5:32 AM
久々にThe greatest showmanを観たわけだが、やはり完成度が高すぎる。1曲目の高揚感だけでちょっと疲れるレベル。
やばい。カップ麺食べた後にご飯入れたくなくなった。俺はもうおしまいだ。いずれカップ麺さえ受け付けなくなる。
June 4, 2025 at 3:44 AM
やばい。カップ麺食べた後にご飯入れたくなくなった。俺はもうおしまいだ。いずれカップ麺さえ受け付けなくなる。
俺が丸亀の社長だったらワカメと刻み生姜トッピングを考案した社員にボーナスあげちゃうくらい美味しい
May 28, 2025 at 3:15 AM
俺が丸亀の社長だったらワカメと刻み生姜トッピングを考案した社員にボーナスあげちゃうくらい美味しい
鳥獣保護法に守られてるからといって、鳩は人間を舐めすぎている。
May 27, 2025 at 4:31 AM
鳥獣保護法に守られてるからといって、鳩は人間を舐めすぎている。
ついに1週間になった。
まあ無理は言ったのだが。
まあ無理は言ったのだが。
最近は研究所内でscRNA-seqが完結するので、サンプル回収からライブラリ作成、データ取得まで2週間かからない。あわわ。
1ヶ月くらいかかると思ってたscRNA-seqのデータが2週間弱で納品されて今これ
May 23, 2025 at 3:23 PM
ついに1週間になった。
まあ無理は言ったのだが。
まあ無理は言ったのだが。
新しいシングルセルライブラリの作成方法を始めるの巻
May 14, 2025 at 8:01 AM
新しいシングルセルライブラリの作成方法を始めるの巻
モノは試しで応募してみたら、NEBのDNAメチル化解析キットのモニターに当選した！当たるもんなんやなぁ。
May 8, 2025 at 5:02 PM
モノは試しで応募してみたら、NEBのDNAメチル化解析キットのモニターに当選した！当たるもんなんやなぁ。
3月4月の発注の問題でどんだけ研究の停滞が起きるか大学事務は理解してらっしゃるのでしょうか。と、愚痴りたくなるくらいにはお役所仕事くらってる…
April 9, 2025 at 12:06 PM
3月4月の発注の問題でどんだけ研究の停滞が起きるか大学事務は理解してらっしゃるのでしょうか。と、愚痴りたくなるくらいにはお役所仕事くらってる…
弊学も雇用PDの給料上げてくれねえかな〜(ハナホジ)
April 1, 2025 at 12:36 AM
弊学も雇用PDの給料上げてくれねえかな〜(ハナホジ)
研究所のツヨツヨ(Cellとか出しちゃってる!)な若手研究者達にインタビューしてる記事。何故か実績皆無な自分にお鉢が回ってきたけど、大学生に向けたものならそんくらいで丁度いいんじゃないかという開き直り。
March 11, 2025 at 12:22 PM
研究所のツヨツヨ(Cellとか出しちゃってる!)な若手研究者達にインタビューしてる記事。何故か実績皆無な自分にお鉢が回ってきたけど、大学生に向けたものならそんくらいで丁度いいんじゃないかという開き直り。
科研費の金額が提示されていないのは、なんかよく聞く話のやつが関係してるのかしら
February 28, 2025 at 9:23 AM
科研費の金額が提示されていないのは、なんかよく聞く話のやつが関係してるのかしら
最近は研究所内でscRNA-seqが完結するので、サンプル回収からライブラリ作成、データ取得まで2週間かからない。あわわ。
February 25, 2025 at 3:21 PM
最近は研究所内でscRNA-seqが完結するので、サンプル回収からライブラリ作成、データ取得まで2週間かからない。あわわ。
工学部だから門外漢すぎるけど、かなり面白そうな最終講義の案内きた。
February 20, 2025 at 3:56 AM
工学部だから門外漢すぎるけど、かなり面白そうな最終講義の案内きた。
google scholarかScopusあたりで誰と誰が師弟関係だったかみたいなグラフをまとめてくんねえかなぁ。就活やら人付き合いやらで知っとくと得する情報な気がするんだけど。
February 15, 2025 at 12:02 PM
google scholarかScopusあたりで誰と誰が師弟関係だったかみたいなグラフをまとめてくんねえかなぁ。就活やら人付き合いやらで知っとくと得する情報な気がするんだけど。