Web: https://sites.google.com/view/fwfonk
In 2026, researchers can publish open access in the Royal Society’s eight subscription journals without having to pay an article processing charge (APC).
royalsociety.org/journals/aut...
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https://research-er.jp/articles/view/153129
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https://research-er.jp/articles/view/153098
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nani.now/ja/about
2月12日、今日は #ダーウィンの日 。現代の生物学の土台を築いた「進化論」の提唱者として知られるイギリスの生物学者、チャールズ・ロバート・ダーウィン(Charles Robert Darwin)の誕生日にちなみ、科学全般を促進させるための日として制定されました。
▪ International Darwin Day
darwinday.org
2月12日、今日は #ダーウィンの日 。現代の生物学の土台を築いた「進化論」の提唱者として知られるイギリスの生物学者、チャールズ・ロバート・ダーウィン(Charles Robert Darwin)の誕生日にちなみ、科学全般を促進させるための日として制定されました。
▪ International Darwin Day
darwinday.org
das-kino.hatenablog.com/entry/2026/0...
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https://research-er.jp/articles/view/152918
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https://research-er.jp/articles/view/152893
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遺伝的に大きく離れた種間の組み合わせに適用するときの注意点は、枝間で進化速度の違いなどある場合は交絡要因となって、交雑の偽陽性になる場合がある。
また、SNPs特定するときのアライメントに使っている配列がOrthologに相当するのかどうかなども注意が必要となってくる。
遺伝的に大きく離れた種間の組み合わせに適用するときの注意点は、枝間で進化速度の違いなどある場合は交絡要因となって、交雑の偽陽性になる場合がある。
また、SNPs特定するときのアライメントに使っている配列がOrthologに相当するのかどうかなども注意が必要となってくる。
計算の中身は集団の組み合わせを指定して、1Mbブロックのアリル頻度の平均値と集団間の距離にもとづく期待値を計算している。集団間で交雑があると集団間の距離がゼロから逸脱するような統計量として定義されてるが、生物種に特異的な仮定は置かれていない。数理としては頻度データの分散分析とほぼ同様。
計算の中身は集団の組み合わせを指定して、1Mbブロックのアリル頻度の平均値と集団間の距離にもとづく期待値を計算している。集団間で交雑があると集団間の距離がゼロから逸脱するような統計量として定義されてるが、生物種に特異的な仮定は置かれていない。数理としては頻度データの分散分析とほぼ同様。
原著論文
esj-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
GitHub
github.com/seikot345/CU...
日本語解説Qiita
qiita.com/seikot345/it...
原著論文
esj-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
GitHub
github.com/seikot345/CU...
日本語解説Qiita
qiita.com/seikot345/it...
doi.org/10.1093/giga...
ただし肝心のベンチマークデータベースへのリンクが切れている。現在は以下にあるそう。
biokirr.com/Sequence-Com...
doi.org/10.1093/giga...
ただし肝心のベンチマークデータベースへのリンクが切れている。現在は以下にあるそう。
biokirr.com/Sequence-Com...
doi.org/10.1093/bioi...
筆頭著者のKirillさんとお話したときに教えてもらった。nafに圧縮(ennaf)されたfastaやfastqはたとえばgzipされたものと比べて軽量で,高速解凍できるので解析するときだけ都度パイプで解凍(unnaf)すればいい,らしい。使ってみたい。
doi.org/10.1093/bioi...
筆頭著者のKirillさんとお話したときに教えてもらった。nafに圧縮(ennaf)されたfastaやfastqはたとえばgzipされたものと比べて軽量で,高速解凍できるので解析するときだけ都度パイプで解凍(unnaf)すればいい,らしい。使ってみたい。
doi.org/10.1093/bioi...
筆頭著者のKirillさんとお話したときに教えてもらった。nafに圧縮(ennaf)されたfastaやfastqはたとえばgzipされたものと比べて軽量で,高速解凍できるので解析するときだけ都度パイプで解凍(unnaf)すればいい,らしい。使ってみたい。
jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJor...
jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJor...
www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1...
www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1...
doi.org/10.1186/s128...
doi.org/10.1186/s128...
https://research-er.jp/articles/view/152659
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webgenron.com/articles/peace
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