大貫渓介 Keisuke Onuki
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fwfonk.bsky.social
大貫渓介 Keisuke Onuki
@fwfonk.bsky.social
国立遺伝学研究所 学振PD。淡水魚の進化生態学に興味があって研究しています。
Web: https://sites.google.com/view/fwfonk
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
グラフを描くとき、配色にはいつも悩まされる。特に色分けすべき対象のカテゴリ数が多いときに困ったことになる。100とかのレベルになってくると、色相環を適当な間隔で切り出す感じの処理をするしかない。50程度なら、ggsciのpal_igv() rdrr.io/cran/ggsci/m... がギリギリカバーできる。
pal_igv: Integrative Genomics Viewer (IGV) color palettes in ggsci: Scientific Journal and Sci-Fi Themed Color Palettes for 'ggplot2'
rdrr.io
February 18, 2026 at 11:57 AM
2026年はロイソの雑誌がAPCなしのOAになるらしい。おもしろい取り組み。

In 2026, researchers can publish open access in the Royal Society’s eight subscription journals without having to pay an article processing charge (APC).

royalsociety.org/journals/aut...
Subscribe to Open for authors | Royal Society
Royal Society subscription journals are open access for 2026
royalsociety.org
February 18, 2026 at 11:50 AM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
【注目プレスリリース】観賞用メダカがどこから来て多様な体の色や形を育んできたのか、 世界初の大規模ゲノムDNA解析によって明らかに ―関西・瀬戸内由来であることやヒトの不随意運動症との関連を発見― / 広島大学,基礎生物学研究所,長浜バイオ大学,国立遺伝学研究所
https://research-er.jp/articles/view/153129
観賞用メダカがどこから来て多様な体の色や形を育んできたのか、 世界初の大規模ゲノムDNA解析によって明らかに ―関西・瀬戸内由来であることやヒトの不随意運動症との関連を発見―
2026.02.18 広島大学,基礎生物学研究所,長浜バイオ大学,国立遺伝学研究所 プレスリリース 【概要】広島大学大学院統合生命科学研究科の大森義裕教授および富...
research-er.jp
February 18, 2026 at 7:20 AM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
【注目プレスリリース】常識を覆す新発見:水陸両生植物が水没に応答して表皮細胞に葉緑体を分化させる 未知の現象を発見— 水中光合成を支える新たな環境応答機構を解明 — / 京都産業大学,東京理科大学,帝京大学,東京大学
https://research-er.jp/articles/view/153098
常識を覆す新発見:水陸両生植物が水没に応答して表皮細胞に葉緑体を分化させる 未知の現象を発見— 水中光合成を支える新たな環境応答機構を解明 —
2026.02.18 京都産業大学,東京理科大学,帝京大学,東京大学 プレスリリース ■研究体制 京都産業大学、東京理科大学、帝京大学、東京大学、中国科学院水生生物...
research-er.jp
February 18, 2026 at 1:50 AM
すごく使い心地がよく,バグ報告への対応も迅速かつ丁寧。課金した。
メモ。最近話題のNani翻訳。Zennを作った人が個人で開発してるらしい。非ネイティブが作っているから,かゆいところに手が届き,DeepL等から乗り換える人もいるっぽい。
nani.now/ja/about
Naniについて
nani.now
February 17, 2026 at 6:17 AM
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I don't usually like mentioning this - but it is not a promotion!!! Have you or anyone in your department used our textbook? If so, I'd love to hear from you and how you think it could be improved for a future edition: global.oup.com/academic/pro...
global.oup.com
February 12, 2026 at 1:30 PM
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おはようございます。
2月12日、今日は #ダーウィンの日 。現代の生物学の土台を築いた「進化論」の提唱者として知られるイギリスの生物学者、チャールズ・ロバート・ダーウィン(Charles Robert Darwin)の誕生日にちなみ、科学全般を促進させるための日として制定されました。

▪ International Darwin Day
darwinday.org
February 12, 2026 at 1:25 AM
再査読(3回目)も完了。なかなか一度で直しきってくれない…。がんばってくれ〜。
February 12, 2026 at 10:18 AM
某システム上で入力すべきフォームが現れず困っていたのだが,事務員さんに相談したら,ぼくの単純なミスが原因であることをすぐに突き止めてくれて助かった。いつもありがとうございます…。
February 12, 2026 at 8:14 AM
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【注目プレスリリース】動物の複雑な行動を解析するAIツール『YORU』を発表~プログラム不要で集団内の個体の行動識別や操作が可能に~ / 名古屋大学
https://research-er.jp/articles/view/152918
動物の複雑な行動を解析するAIツール『YORU』を発表~プログラム不要で集団内の個体の行動識別や操作が可能に~
2026.02.12 名古屋大学 プレスリリース 【本研究のポイント】動物同士が入り交じる場面でも、「見た目の変化」を手がかりに高速で動物の行動を自動検出する A...
research-er.jp
February 12, 2026 at 5:05 AM
resubmitted!
査読返ってきました。初めてReviewerにexcellentとか言われて嬉しいです。自分が査読するときもいいと思ったところはいいねと言おうと思いました。
February 12, 2026 at 4:01 AM
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【注目プレスリリース】黒スケ・白スケだけじゃない! 8地点のスケーリーフットで解き明かす、深海熱水域をつなぐ「海流」と隔てる「断層」 ―集団ゲノム解析によるインド洋熱水域群集の分散史解明と保全優先域への示唆― / 海洋研究開発機構
https://research-er.jp/articles/view/152893
黒スケ・白スケだけじゃない! 8地点のスケーリーフットで解き明かす、深海熱水域をつなぐ「海流」と隔てる「断層」 ―集団ゲノム解析によるインド洋熱水域群集の分散史解明と保全優先域への示唆―
2026.02.12 海洋研究開発機構 プレスリリース 1. 発表のポイント深海の熱水噴出域は、そこにしか生きられない固有種にとって、海底に点々と存在する「島」の...
research-er.jp
February 12, 2026 at 1:30 AM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
f3,f4統計量は、塩基配列間の距離としても定義できるので、全ゲノムリシーケンスのSNPs規模なら各集団につき1個体からでも計算できる点も強みである。

遺伝的に大きく離れた種間の組み合わせに適用するときの注意点は、枝間で進化速度の違いなどある場合は交絡要因となって、交雑の偽陽性になる場合がある。
また、SNPs特定するときのアライメントに使っている配列がOrthologに相当するのかどうかなども注意が必要となってくる。
February 10, 2026 at 10:45 PM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
SNPsデータで集団間交雑を検定するf3, f4といった統計量は、人類集団の交雑を解析する目的で構築されてきたが、その統計検定の枠組みは人間以外の集団/種間でも、原理的にはそのまま使用できる。

計算の中身は集団の組み合わせを指定して、1Mbブロックのアリル頻度の平均値と集団間の距離にもとづく期待値を計算している。集団間で交雑があると集団間の距離がゼロから逸脱するような統計量として定義されてるが、生物種に特異的な仮定は置かれていない。数理としては頻度データの分散分析とほぼ同様。
February 10, 2026 at 10:34 PM
ひょんなことから昨年の東大の入試問題を見かけたのだが、国語にはマークテストとかの鏡像認知の話、生物には魚類の遺伝的多様性とか大規模野外操作実験の話が出ていた。大阪公立大と京大やんか、と思った。
February 9, 2026 at 8:19 AM
メモ:全ゲノム配列からシングルコピーオルソログを用いた系統推定を行うCUSCOパイプライン。共著者の内藤さんによれば「爆速かつ正確、かつ倍数体も扱えるというスグレモノ」。

原著論文
esj-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

GitHub
github.com/seikot345/CU...

日本語解説Qiita
qiita.com/seikot345/it...
CUSCO: A Tool for Curating Single‐Copy Orthologs and Extracting Marker Genes for Phylogenetic Tree Construction With Extra Samples
We developed the CUSCO pipeline. It enables rapid construction of a phylogenetic tree using whole genome sequences and identifies useful marker genes for additional samples. It can handle polyploid g....
esj-journals.onlinelibrary.wiley.com
February 8, 2026 at 6:48 AM
NAF以外の圧縮フォーマット・ツールも含めて圧縮・解凍時間等をちゃんと調べたベンチマーク論文がありました。
doi.org/10.1093/giga...

ただし肝心のベンチマークデータベースへのリンクが切れている。現在は以下にあるそう。
biokirr.com/Sequence-Com...
February 8, 2026 at 6:39 AM
自分のMacbookAirで試してみた。1.2Gb(1.1GB)くらいのゲノムのennafが4.12秒,unnafが3.11秒で終わる。ちなみにgzipだと圧縮が6分50秒くらいで解凍が3.42秒。圧縮サイズもnafが270MBでgzが351MB。これはなかなかすごいかもしれない。
メモ:DNA配列を強力に圧縮・高速に解凍できるフォーマットNAF
doi.org/10.1093/bioi...
筆頭著者のKirillさんとお話したときに教えてもらった。nafに圧縮(ennaf)されたfastaやfastqはたとえばgzipされたものと比べて軽量で,高速解凍できるので解析するときだけ都度パイプで解凍(unnaf)すればいい,らしい。使ってみたい。
Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences
AbstractSummary. DNA sequence databases use compression such as gzip to reduce the required storage space and network transmission time. We describe Nucleo
doi.org
February 6, 2026 at 3:34 PM
メモ:DNA配列を強力に圧縮・高速に解凍できるフォーマットNAF
doi.org/10.1093/bioi...
筆頭著者のKirillさんとお話したときに教えてもらった。nafに圧縮(ennaf)されたfastaやfastqはたとえばgzipされたものと比べて軽量で,高速解凍できるので解析するときだけ都度パイプで解凍(unnaf)すればいい,らしい。使ってみたい。
Nucleotide Archival Format (NAF) enables efficient lossless reference-free compression of DNA sequences
AbstractSummary. DNA sequence databases use compression such as gzip to reduce the required storage space and network transmission time. We describe Nucleo
doi.org
February 6, 2026 at 12:58 PM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
助教の公募(新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 分子生態遺伝学分野)
jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJor...
JREC-IN | 助教の公募(新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 分子生態遺伝学分野)
イノベーション創出を担う研究人材のためのキャリア支援ポータルサイト
jrecin.jst.go.jp
February 6, 2026 at 10:05 AM
世界で2、3か所しか残っていないアユモドキ生息地にコウノトリを呼ぶとか、どうしてそうなっちゃうの案件過ぎる。本当に何も考えてないなら問題だし、スタジアム建設計画をめぐって色々あったアユモドキ保全活動へのあてつけならあまりに下品だ。
www.kyoto-np.co.jp/articles/-/1...
元スタジアム予定地に「国特別記念物」の人工巣塔設置へ 生息場所として「誘鳥」その可能性は?|京都新聞デジタル 京都・滋賀のニュースサイト
京都府亀岡市は2026年度、JR亀岡駅北側の市有地に国特別記念物コウノトリの人工巣塔を設置する方針を決めた。現在は約6キロ北の川東地域で数…
www.kyoto-np.co.jp
February 5, 2026 at 1:06 AM
こわ。隣接する別々の遺伝子が1つの遺伝子としてミスアノテーションされると、それが別種の遺伝子予測の根拠として採用されることで、存在しない遺伝子構造が再生産され続ける。非モデル生物のゲノムアノテーションなんてどこかは必ず間違ってるよな…。
doi.org/10.1186/s128...
Chimeric mis-annotations of genes remain pervasive in eukaryotic non-model organisms - BMC Genomics
Background Accurate annotation of protein-coding genes is critical for genome analysis in non-model organisms. However, limited RNA-Seq data and incomplete protein resources can lead to errors, includ...
doi.org
February 4, 2026 at 8:20 AM
Reposted by 大貫渓介 Keisuke Onuki
【注目プレスリリース】性選択と雑種形成による種分化 / 国立遺伝学研究所
https://research-er.jp/articles/view/152659
性選択と雑種形成による種分化
2026.02.04 国立遺伝学研究所 プレスリリース Speciation by sexual selection and hybridizationKotaro KagawaProceedings of the Royal Society B (20...
research-er.jp
February 4, 2026 at 2:45 AM
最近読んでいて、これは今読まれるべきだなと思った本。東氏(やその言動)に一部で悪評があることは承知していますが、それを差し引いても読まれるべき本だと思います。
webgenron.com/articles/peace
『平和と愚かさ』特設ページ
ぼくたちは政治について語りすぎている。そのせいで平和から遠ざかっている。ウクライナ、中国、ユーゴスラヴィア、ベトナム、そしてアメリカ……。戦争の記憶をめぐり、平和について考えた哲学紀行文集。ひとは政治の時代をいかに抜け出せるか。『動物化する
webgenron.com
February 4, 2026 at 3:23 AM