@analbiotech.bsky.social
D3森さんのD論公聴会。審査員からのコメントにしっかりと対応できたおかげで無事終了。おめでとう！
December 17, 2025 at 6:53 AM
D3森さんのD論公聴会。審査員からのコメントにしっかりと対応できたおかげで無事終了。おめでとう！
雑誌会はM1の北村君。Jens Nielsenのグループが出した論文。
出芽酵母の増殖速度が閾値を超えるとエタノールを作り出す現象を、連続培養＋メタボローム、リン酸化プロテオミクスで解析。ATP/ADP比によるPFKの制御が鍵とのこと
Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation
www.pnas.org/doi/10.1073/...
出芽酵母の増殖速度が閾値を超えるとエタノールを作り出す現象を、連続培養＋メタボローム、リン酸化プロテオミクスで解析。ATP/ADP比によるPFKの制御が鍵とのこと
Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation
www.pnas.org/doi/10.1073/...
Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation | PNAS
Supply of Gibbs free energy and precursors are vital for cellular function and cell
metabolism have evolved to be tightly regulated to balance thei...
www.pnas.org
December 15, 2025 at 1:41 AM
雑誌会はM1の北村君。Jens Nielsenのグループが出した論文。
出芽酵母の増殖速度が閾値を超えるとエタノールを作り出す現象を、連続培養＋メタボローム、リン酸化プロテオミクスで解析。ATP/ADP比によるPFKの制御が鍵とのこと
Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation
www.pnas.org/doi/10.1073/...
出芽酵母の増殖速度が閾値を超えるとエタノールを作り出す現象を、連続培養＋メタボローム、リン酸化プロテオミクスで解析。ATP/ADP比によるPFKの制御が鍵とのこと
Yeast increases glycolytic flux to support higher growth rates accompanied by decreased metabolite regulation and lower protein phosphorylation
www.pnas.org/doi/10.1073/...
中間報告はM2の橋本君と、福家君。マクロファージに酵母とそれぞれ計測対象は異なるものの、細胞が再生した過剰のATPがどこで使われているの？という細胞ATP会計研究における根源的な疑問に答えるいいデータが出てきてるので、修論までの追加データに期待。
December 15, 2025 at 1:36 AM
中間報告はM2の橋本君と、福家君。マクロファージに酵母とそれぞれ計測対象は異なるものの、細胞が再生した過剰のATPがどこで使われているの？という細胞ATP会計研究における根源的な疑問に答えるいいデータが出てきてるので、修論までの追加データに期待。
実験医学増刊「オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53」が出版されました！松田がシンマスバンクチームと寄稿したMassBankの紹介記事も載ってます！
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
実験医学増刊：オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53〜情報の海で手に入る宝物で、あなたの研究が発展する！
「どうすれば欲しいデータを効率よく探せるだろう？」「このオミクス解析結果，どう解釈しよう？」生命医科学分野の公共データベースの数は2,000を超えるといわれており，研究の目的に合ったものを見つけ出すのは困難です．本書は，ゲノム，タンパク質，代謝物などあらゆるレイヤーについて，データの入手と解釈に有用なデータベースを厳選して特徴と使い方を紹介します！
www.yodosha.co.jp
December 8, 2025 at 2:34 PM
実験医学増刊「オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53」が出版されました！松田がシンマスバンクチームと寄稿したMassBankの紹介記事も載ってます！
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/...
雑誌会2つめはM2上野君。Y. lipolyticaにメタノール資化経路を導入したというもの。MDH+RuMPの細胞質発現でメタノールをグルコースと共資化できることを実証。すごい。
www.sciencedirect.com/science/arti...
www.sciencedirect.com/science/arti...
Insights into the methanol utilization capacity of Y. lipolytica and improvements through metabolic engineering
Methanol is a promising sustainable alternative feedstock for green biomanufacturing. The yeast Yarrowia lipolytica offers a versatile platform for pr…
www.sciencedirect.com
December 8, 2025 at 1:53 AM
雑誌会2つめはM2上野君。Y. lipolyticaにメタノール資化経路を導入したというもの。MDH+RuMPの細胞質発現でメタノールをグルコースと共資化できることを実証。すごい。
www.sciencedirect.com/science/arti...
www.sciencedirect.com/science/arti...
本日の中間報告はM2の田村さん、データの解析が進んでます。
雑誌会の一つ目はM2石川君。250種類のベルギービールからオミクスデータを取得し、官能試験値の予測モデルを作成したというもの。やはり決定木ベースの手法が強いらしい。
www.nature.com/articles/s41...
雑誌会の一つ目はM2石川君。250種類のベルギービールからオミクスデータを取得し、官能試験値の予測モデルを作成したというもの。やはり決定木ベースの手法が強いらしい。
www.nature.com/articles/s41...
Predicting and improving complex beer flavor through machine learning - Nature Communications
Perception and appreciation of food flavour depends on many factors, posing a challenge for effective prediction. Here, the authors combine extensive chemical and sensory analyses of 250 commercial Be...
www.nature.com
December 8, 2025 at 1:47 AM
本日の中間報告はM2の田村さん、データの解析が進んでます。
雑誌会の一つ目はM2石川君。250種類のベルギービールからオミクスデータを取得し、官能試験値の予測モデルを作成したというもの。やはり決定木ベースの手法が強いらしい。
www.nature.com/articles/s41...
雑誌会の一つ目はM2石川君。250種類のベルギービールからオミクスデータを取得し、官能試験値の予測モデルを作成したというもの。やはり決定木ベースの手法が強いらしい。
www.nature.com/articles/s41...
月曜日の朝の研究室セミナー。進捗報告はM1の北村君と、矢鍋君。酵母から質量分析装置を使ってとったデータから仮説を作って、検証する。というサイクルが回り始めててえらい。雑誌会はM1井上君。代謝経路をミトコンドリアと細胞質で分割すると物質生産がうまくいった。というもの。Huimin ZhaoとRabinowitzとの共同研究。
www.nature.com/articles/s41...
www.nature.com/articles/s41...
Decompartmentalization of the yeast mitochondrial metabolism to improve chemical production in Issatchenkia orientalis - Nature Communications
An inadequate supply of cofactors often limits the production of target molecules in metabolic engineering. Here, the authors report cofactor engineering through decompartmentalization of the yeast mi...
www.nature.com
December 1, 2025 at 1:39 AM
月曜日の朝の研究室セミナー。進捗報告はM1の北村君と、矢鍋君。酵母から質量分析装置を使ってとったデータから仮説を作って、検証する。というサイクルが回り始めててえらい。雑誌会はM1井上君。代謝経路をミトコンドリアと細胞質で分割すると物質生産がうまくいった。というもの。Huimin ZhaoとRabinowitzとの共同研究。
www.nature.com/articles/s41...
www.nature.com/articles/s41...
今日のラボセミナーは、B4増田、中澤、矢橋の中間報告。いいデータが出始めてきて、面白くなってきました。
November 17, 2025 at 2:40 AM
今日のラボセミナーは、B4増田、中澤、矢橋の中間報告。いいデータが出始めてきて、面白くなってきました。
昨年卒業した望月君の研究が論文になりました。おめでとう！13C-metabolic flux analysis of K562 cells before and after differentiation into erythroid reveals a metabolic shift toward oxidative metabolism
linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii...
linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii...
13C-metabolic flux analysis of K562 cells before and after differentiation into erythroid reveals a metabolic shift toward oxidative metabolism - PubMed
In regenerative medicine, it is crucial to discover the key factors associated with erythroid differentiation for efficient production of artificial red blood cells. One such factor is erythroid metabolism as erythroid cells dynamically coordinate their metabolic processes to obtain energy for prope …
pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
November 6, 2025 at 1:48 PM
昨年卒業した望月君の研究が論文になりました。おめでとう！13C-metabolic flux analysis of K562 cells before and after differentiation into erythroid reveals a metabolic shift toward oxidative metabolism
linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii...
linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii...
研究室セミナー。進捗報告はD2佐藤君。投稿論文のFig形式を念頭に報告。出口を見据えて研究を構成するのがとにかく大事。論文紹介は増田さん
www.sciencedirect.com/science/arti...
www.sciencedirect.com/science/arti...
Ala-Cys-Cys-Ala dipeptide dimer alleviates problematic cysteine and cystine levels in media formulations and enhances CHO cell growth and metabolism
Cysteine and cystine are essential amino acids present in mammalian cell cultures. While contributing to biomass synthesis, recombinant protein produc…
www.sciencedirect.com
November 6, 2025 at 6:30 AM
研究室セミナー。進捗報告はD2佐藤君。投稿論文のFig形式を念頭に報告。出口を見据えて研究を構成するのがとにかく大事。論文紹介は増田さん
www.sciencedirect.com/science/arti...
www.sciencedirect.com/science/arti...
M2のプレ卒論を実施。修論に向けて着々とデータがたまっていることが確認できたので、オチがつくように最後まで頑張りましょう。
October 27, 2025 at 7:38 AM
M2のプレ卒論を実施。修論に向けて着々とデータがたまっていることが確認できたので、オチがつくように最後まで頑張りましょう。
第19回メタボロームシンポジウムでPD谷口のポスター発表（PESIによる培地分析）がベストプレゼンテーション賞を受賞。おめでとう！
October 27, 2025 at 12:35 AM
第19回メタボロームシンポジウムでPD谷口のポスター発表（PESIによる培地分析）がベストプレゼンテーション賞を受賞。おめでとう！
第19回メタボロームシンポジウムで岡橋（PESIの分析計構築）、谷口（PESIによる培地分析）がポスター発表、松田が口頭（シンマスバンク）発表。
October 27, 2025 at 12:34 AM
第19回メタボロームシンポジウムで岡橋（PESIの分析計構築）、谷口（PESIによる培地分析）がポスター発表、松田が口頭（シンマスバンク）発表。
資生堂や複数の大学の皆さんとの共同研究が論文になりました。
NMRチューブ内で動物細胞を培養し、培地中の成分変化をリアルタイム観測するLive-Cell Metabolic NMR with Illuminationという驚異の技術です。
pubs.acs.org/doi/full/10....
NMRチューブ内で動物細胞を培養し、培地中の成分変化をリアルタイム観測するLive-Cell Metabolic NMR with Illuminationという驚異の技術です。
pubs.acs.org/doi/full/10....
Development of a Real-Time Monitoring System for the Adherent Human Keratinocyte Metabolism by Live-Cell Metabolic NMR with Illumination
Our skin is constantly exposed to the external environment, and the epidermis, in particular, responds to various external stimuli by producing biomolecules, including proteins, lipids, and metabolite...
pubs.acs.org
October 14, 2025 at 4:28 AM
資生堂や複数の大学の皆さんとの共同研究が論文になりました。
NMRチューブ内で動物細胞を培養し、培地中の成分変化をリアルタイム観測するLive-Cell Metabolic NMR with Illuminationという驚異の技術です。
pubs.acs.org/doi/full/10....
NMRチューブ内で動物細胞を培養し、培地中の成分変化をリアルタイム観測するLive-Cell Metabolic NMR with Illuminationという驚異の技術です。
pubs.acs.org/doi/full/10....
今日の進捗報告はM1の井上、上野、北村の3名。競うようにデータがどんどん出始めてきて面白くなってきました。
October 14, 2025 at 4:25 AM
今日の進捗報告はM1の井上、上野、北村の3名。競うようにデータがどんどん出始めてきて面白くなってきました。
第77回日本生物工学会＠広島工業大に参加。学生は井上、北村、佐藤、谷口、森、矢鍋が口頭発表。頑張りました！
September 12, 2025 at 7:32 AM
第77回日本生物工学会＠広島工業大に参加。学生は井上、北村、佐藤、谷口、森、矢鍋が口頭発表。頑張りました！
清酒酵母がおいしいお酒を造れるヒミツを探索した研究が論文になりました！
日本酒醸造用の協会7号酵母株と菊正宗酒造のKm67という酵母株を比較し、高発酵性を示すメカニズムは同じだが、原因変異が異なるというLocus heterogeneity（座位異質性）が起きていることを示しました。酵母スゴイ。
www.sciencedirect.com/science/arti...
日本酒醸造用の協会7号酵母株と菊正宗酒造のKm67という酵母株を比較し、高発酵性を示すメカニズムは同じだが、原因変異が異なるというLocus heterogeneity（座位異質性）が起きていることを示しました。酵母スゴイ。
www.sciencedirect.com/science/arti...
Locus heterogeneity in the mechanism underlying the superior fermentation performances of phylogenetically distant sake yeasts
Sake yeasts, Saccharomyces cerevisiae strains isolated from Japanese sake fermentation tanks, exhibit superior fermentation performance to that of oth…
www.sciencedirect.com
September 5, 2025 at 12:42 AM
清酒酵母がおいしいお酒を造れるヒミツを探索した研究が論文になりました！
日本酒醸造用の協会7号酵母株と菊正宗酒造のKm67という酵母株を比較し、高発酵性を示すメカニズムは同じだが、原因変異が異なるというLocus heterogeneity（座位異質性）が起きていることを示しました。酵母スゴイ。
www.sciencedirect.com/science/arti...
日本酒醸造用の協会7号酵母株と菊正宗酒造のKm67という酵母株を比較し、高発酵性を示すメカニズムは同じだが、原因変異が異なるというLocus heterogeneity（座位異質性）が起きていることを示しました。酵母スゴイ。
www.sciencedirect.com/science/arti...
ラボセミナー。夏休み明けのB4、小田、辻本、中澤が発表。これから卒論に向けてデータだそう。
August 26, 2025 at 5:26 AM
ラボセミナー。夏休み明けのB4、小田、辻本、中澤が発表。これから卒論に向けてデータだそう。
8/18に後期キックオフ。D3森、D2佐藤が研究進捗報告。よい素材をわかりやすく並べて説明するのは大事だが難しい。午後はメンバー総出でラボの安全点検。ご苦労様でした。
August 21, 2025 at 12:07 AM
8/18に後期キックオフ。D3森、D2佐藤が研究進捗報告。よい素材をわかりやすく並べて説明するのは大事だが難しい。午後はメンバー総出でラボの安全点検。ご苦労様でした。
大阪大学の林先生、加藤先生らとの共同研究がAngewandte Chemieに掲載されました！5-アミノレブリン酸生産大腸菌の開発に代謝解析で貢献しました。
onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...
onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...
onlinelibrary.wiley.com
August 7, 2025 at 6:42 AM
大阪大学の林先生、加藤先生らとの共同研究がAngewandte Chemieに掲載されました！5-アミノレブリン酸生産大腸菌の開発に代謝解析で貢献しました。
onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...
onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/...
金沢大学の高橋先生、河野先生との共同研究がCell Death & Disease誌に掲載されました。がん研究に代謝解析技術で貢献しました。
www.nature.com/articles/s41...
www.nature.com/articles/s41...
RB1 controls differentiation through positive regulation of phosphoglycerate mutases - Cell Death & Disease
Cell Death & Disease - RB1 controls differentiation through positive regulation of phosphoglycerate mutases
www.nature.com
August 7, 2025 at 6:40 AM
金沢大学の高橋先生、河野先生との共同研究がCell Death & Disease誌に掲載されました。がん研究に代謝解析技術で貢献しました。
www.nature.com/articles/s41...
www.nature.com/articles/s41...
酵母やがん細胞は、酸素があっても電子伝達鎖を用いた呼吸に加え、発酵でATPをゲットする好気的解糖という代謝状態をとります。これは非常に効率が悪く、なぜあえて不合理なことをするのかうまく説明できないことが課題となっていました。今回、我々は好気的解糖の新たな役割を提案しました。呼吸が不安的な時、発酵で生成したATPをミトコンドリアに送り込み、H+/ATPaseを逆回転させ、ミトコンドリア膜電位を維持し、アポトーシス誘導を抑制する、というものです。
www.mdpi.com/2218-1989/15...
www.mdpi.com/2218-1989/15...
www.mdpi.com
July 8, 2025 at 4:14 AM
酵母やがん細胞は、酸素があっても電子伝達鎖を用いた呼吸に加え、発酵でATPをゲットする好気的解糖という代謝状態をとります。これは非常に効率が悪く、なぜあえて不合理なことをするのかうまく説明できないことが課題となっていました。今回、我々は好気的解糖の新たな役割を提案しました。呼吸が不安的な時、発酵で生成したATPをミトコンドリアに送り込み、H+/ATPaseを逆回転させ、ミトコンドリア膜電位を維持し、アポトーシス誘導を抑制する、というものです。
www.mdpi.com/2218-1989/15...
www.mdpi.com/2218-1989/15...
本日の研究セミナーはB4の中澤、増田、矢橋の3名。4月に始めた卒業研究が着々と進んでいることを報告。
June 30, 2025 at 2:11 AM
本日の研究セミナーはB4の中澤、増田、矢橋の3名。4月に始めた卒業研究が着々と進んでいることを報告。
