Sophie Schbath
@sophieschbath.bsky.social
Researcher at INRAE MaIAGE lab #statistics #bioinformatics, scientific head of MIGALE bioinformatics facility, more and more concerned about environmental impacts of our activites
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[Agenda 2026] La 27e édition du Salon Culture et Jeux Mathématiques aura lieu du 21 au 24 mai 2026 sur la place Saint-Sulpice à Paris ! Le thème cette année sera "Égalités". Quatre jours de découvertes, jeux, ateliers et rencontres...
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
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November 7, 2025 at 8:51 AM
[Agenda 2026] La 27e édition du Salon Culture et Jeux Mathématiques aura lieu du 21 au 24 mai 2026 sur la place Saint-Sulpice à Paris ! Le thème cette année sera "Égalités". Quatre jours de découvertes, jeux, ateliers et rencontres...
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
Toujours un plaisir de participer à la construction collective de la stratégie scientifique de notre département "Mathématique et sciences du numérique" d' @inrae-france.bsky.social pour 2026-2030 !
🔷 Séminaire Schéma Stratégique du Département MathNum à Montpellier — une belle dynamique collective !
Plus d'info : www.linkedin.com/feed/update/...
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November 7, 2025 at 4:12 PM
Toujours un plaisir de participer à la construction collective de la stratégie scientifique de notre département "Mathématique et sciences du numérique" d' @inrae-france.bsky.social pour 2026-2030 !
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📢🚨Recrutement d’un·e ngénieur-e d'études en conception et diffusion de ressources pédagogiques pour la gestion et l'analyse des données de microbiomes et de santé !
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
November 6, 2025 at 10:01 AM
📢🚨Recrutement d’un·e ngénieur-e d'études en conception et diffusion de ressources pédagogiques pour la gestion et l'analyse des données de microbiomes et de santé !
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
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🚨New preprint out!
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
November 6, 2025 at 5:26 PM
🚨New preprint out!
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
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How do GWAS and rare variant burden tests rank gene signals?
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
Specificity, length and luck drive gene rankings in association studies - Nature
Genetic association tests prioritize candidate genes based on different criteria.
www.nature.com
November 7, 2025 at 12:05 AM
How do GWAS and rare variant burden tests rank gene signals?
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
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Fantastic talk by @vikramshivakumar.bsky.social Mumemto—Scalable multi-MUM finding for pangenomes
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
November 6, 2025 at 1:13 AM
Fantastic talk by @vikramshivakumar.bsky.social Mumemto—Scalable multi-MUM finding for pangenomes
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
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Jacqueline Toussaint gave the talk on "Constructing pan-genome gene graphs with hundreds of thousands of bacterial genomes"
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
November 6, 2025 at 1:37 AM
Jacqueline Toussaint gave the talk on "Constructing pan-genome gene graphs with hundreds of thousands of bacterial genomes"
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
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Nicole Brown gave a fantastic talk on Identifying introgressions across pangenomes with Panagram
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
November 6, 2025 at 2:52 AM
Nicole Brown gave a fantastic talk on Identifying introgressions across pangenomes with Panagram
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
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#podcast
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
Comment donner le goût des mathématiques ?
Avec Viviane Pons, maîtresse de conférences en informatique à l'université de Paris-Saclay et Cédric Villani, mathématicien, ex-député, enseignant-chercheur à l’université Claude Bernard Lyon 1 et à l...
www.radiofrance.fr
November 5, 2025 at 8:34 PM
#podcast
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
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📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
November 4, 2025 at 8:43 AM
📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
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Mais cela n'est pas qu'un constat pessimiste. C'est aussi une clé pour s'en sortir. Notre objectif doit d'abord être de préserver notre capacité à vivre sans les IA. À nous déplacer, apprendre, créer, parler, aimer, vivre ! sans recours imposés aux IA.
November 4, 2025 at 6:14 PM
Mais cela n'est pas qu'un constat pessimiste. C'est aussi une clé pour s'en sortir. Notre objectif doit d'abord être de préserver notre capacité à vivre sans les IA. À nous déplacer, apprendre, créer, parler, aimer, vivre ! sans recours imposés aux IA.
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@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏
November 4, 2025 at 6:42 PM
@vloux.bsky.social présentait aujourd'hui l'entrepôt de données #Siduri devant le SAB et le COS du Grand Défi #Ferments_du_Futur 👏
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Entérocoques intestinaux, bactéries E. coli…
Les plages polluées en été le sont également le reste de l’année, ont montré des analyses de l'association Eau & Rivières de Bretagne.
La faute à l'agriculture industrielle notamment.
Le lien de l'article en commentaire ⬇️
⏱️ Redif. du 08/10/2025
Les plages polluées en été le sont également le reste de l’année, ont montré des analyses de l'association Eau & Rivières de Bretagne.
La faute à l'agriculture industrielle notamment.
Le lien de l'article en commentaire ⬇️
⏱️ Redif. du 08/10/2025
November 2, 2025 at 7:00 AM
Entérocoques intestinaux, bactéries E. coli…
Les plages polluées en été le sont également le reste de l’année, ont montré des analyses de l'association Eau & Rivières de Bretagne.
La faute à l'agriculture industrielle notamment.
Le lien de l'article en commentaire ⬇️
⏱️ Redif. du 08/10/2025
Les plages polluées en été le sont également le reste de l’année, ont montré des analyses de l'association Eau & Rivières de Bretagne.
La faute à l'agriculture industrielle notamment.
Le lien de l'article en commentaire ⬇️
⏱️ Redif. du 08/10/2025
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💡 Reprenons la main sur le numérique !
Webconférence @Colibris le 5 nov. 18h-19h30
🌱 Comment s’émanciper des GAFAM ?
🌍 Un numérique plus sobre & local ?
🎙️ Avec @Framasoft , Floriane Hamon & Fabien Lebrun
👉 Inscription : colibris-wiki.org/benevoles/?I...
Webconférence @Colibris le 5 nov. 18h-19h30
🌱 Comment s’émanciper des GAFAM ?
🌍 Un numérique plus sobre & local ?
🎙️ Avec @Framasoft , Floriane Hamon & Fabien Lebrun
👉 Inscription : colibris-wiki.org/benevoles/?I...
October 30, 2025 at 6:52 PM
💡 Reprenons la main sur le numérique !
Webconférence @Colibris le 5 nov. 18h-19h30
🌱 Comment s’émanciper des GAFAM ?
🌍 Un numérique plus sobre & local ?
🎙️ Avec @Framasoft , Floriane Hamon & Fabien Lebrun
👉 Inscription : colibris-wiki.org/benevoles/?I...
Webconférence @Colibris le 5 nov. 18h-19h30
🌱 Comment s’émanciper des GAFAM ?
🌍 Un numérique plus sobre & local ?
🎙️ Avec @Framasoft , Floriane Hamon & Fabien Lebrun
👉 Inscription : colibris-wiki.org/benevoles/?I...
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Handy : application Open Source de reconnaissance vocale entièrement hors‑ligne
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
October 30, 2025 at 7:33 PM
Handy : application Open Source de reconnaissance vocale entièrement hors‑ligne
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
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#RP_INRAE De nouvelles pistes de recherche dans la lutte contre les insectes ravageurs avec la découverte de structures membranaires en réseau construites par des bactéries symbiotiques du charançon pour mieux se nourrir.
Étude co-pilotée avec @insa-lyon.fr
➡️ url.inrae.fr/4qLzH1g
Étude co-pilotée avec @insa-lyon.fr
➡️ url.inrae.fr/4qLzH1g
October 29, 2025 at 2:21 PM
#RP_INRAE De nouvelles pistes de recherche dans la lutte contre les insectes ravageurs avec la découverte de structures membranaires en réseau construites par des bactéries symbiotiques du charançon pour mieux se nourrir.
Étude co-pilotée avec @insa-lyon.fr
➡️ url.inrae.fr/4qLzH1g
Étude co-pilotée avec @insa-lyon.fr
➡️ url.inrae.fr/4qLzH1g
Il est encore temps de s'inscrire pour la formation et le colloque 2025 de Femmes & Sciences (12 et 14-15 novembre) !
🧬🔭🧪📜 L’égalité en Sciences : agir de l’école maternelle à l’enseignement supérieur !
Pour en savoir plus et s'inscrire :
femmesetsciences.fr/colloque-2025
🧬🔭🧪📜 L’égalité en Sciences : agir de l’école maternelle à l’enseignement supérieur !
Pour en savoir plus et s'inscrire :
femmesetsciences.fr/colloque-2025
October 29, 2025 at 9:23 AM
Il est encore temps de s'inscrire pour la formation et le colloque 2025 de Femmes & Sciences (12 et 14-15 novembre) !
🧬🔭🧪📜 L’égalité en Sciences : agir de l’école maternelle à l’enseignement supérieur !
Pour en savoir plus et s'inscrire :
femmesetsciences.fr/colloque-2025
🧬🔭🧪📜 L’égalité en Sciences : agir de l’école maternelle à l’enseignement supérieur !
Pour en savoir plus et s'inscrire :
femmesetsciences.fr/colloque-2025
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I was recently invited to present my thoughts on the role of universities in the #climate crisis
Several audience members asked that I share my slides, so I've decided to post them here too as an open resource
I'd love any feedback, & for you to share examples of projects & best practice.
Long 🧵😊
Several audience members asked that I share my slides, so I've decided to post them here too as an open resource
I'd love any feedback, & for you to share examples of projects & best practice.
Long 🧵😊
October 26, 2025 at 4:57 AM
I was recently invited to present my thoughts on the role of universities in the #climate crisis
Several audience members asked that I share my slides, so I've decided to post them here too as an open resource
I'd love any feedback, & for you to share examples of projects & best practice.
Long 🧵😊
Several audience members asked that I share my slides, so I've decided to post them here too as an open resource
I'd love any feedback, & for you to share examples of projects & best practice.
Long 🧵😊
Ma fille prépare son cours sur les volcans pour les CM1. Y a plus qu'à tester l'éruption 👌
October 28, 2025 at 9:01 AM
Ma fille prépare son cours sur les volcans pour les CM1. Y a plus qu'à tester l'éruption 👌
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Développement, déclin… et renouveau des tramways ! 🚊
Le graphique ci-dessous montre les 170 ans d’évolution des distances parcourues en tramways en France ⬇️
Explications sur cet historique de l'usage du tram ⤵️
Le graphique ci-dessous montre les 170 ans d’évolution des distances parcourues en tramways en France ⬇️
Explications sur cet historique de l'usage du tram ⤵️
October 28, 2025 at 8:14 AM
Développement, déclin… et renouveau des tramways ! 🚊
Le graphique ci-dessous montre les 170 ans d’évolution des distances parcourues en tramways en France ⬇️
Explications sur cet historique de l'usage du tram ⤵️
Le graphique ci-dessous montre les 170 ans d’évolution des distances parcourues en tramways en France ⬇️
Explications sur cet historique de l'usage du tram ⤵️
"De nombreuses études ont montré que l’écriture au masculin mène les lecteurs et lectrices à se représenter moins de femmes lors de la lecture."
theconversation.com/la-langue-in...
theconversation.com/la-langue-in...
La langue inclusive : lorsque des mythes font leur entrée dans les politiques publiques
En voulant interdire des mots comme « iel » ou « toustes », Québec ravive un vieux débat où la science et les droits fondamentaux s’entremêlent.
theconversation.com
October 27, 2025 at 8:49 AM
"De nombreuses études ont montré que l’écriture au masculin mène les lecteurs et lectrices à se représenter moins de femmes lors de la lecture."
theconversation.com/la-langue-in...
theconversation.com/la-langue-in...
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Wikipedia contre Grokipedia : Pourquoi la bataille des encyclopédies en ligne nous concerne tous
Podcast (3mn)
www.radiofrance.fr/franceinfo/p...
Podcast (3mn)
www.radiofrance.fr/franceinfo/p...
Wikipedia contre Grokipedia : Pourquoi la bataille des encyclopédies en ligne nous concerne tous
L’encyclopédie en ligne Wikipedia s’inquiète de la baisse du nombre d’humains qui consultent désormais ses pages. Tandis qu'Elon Musk lance Grokipedia, une version concurrente fondée sur son robot con...
www.radiofrance.fr
October 27, 2025 at 5:29 AM
Wikipedia contre Grokipedia : Pourquoi la bataille des encyclopédies en ligne nous concerne tous
Podcast (3mn)
www.radiofrance.fr/franceinfo/p...
Podcast (3mn)
www.radiofrance.fr/franceinfo/p...