Andreas @ Real Scientists DE
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Das deutschsprachige @RealScientists.
Echte Wissenschaft von echten ForscherInnen, AutorInnen, KommunikatorInnen, KünstlerInnen... Diese Woche: @andimicroscopy.bsky.social
Echte Wissenschaft von echten ForscherInnen, AutorInnen, KommunikatorInnen, KünstlerInnen... Diese Woche: @andimicroscopy.bsky.social
Zum Abschluss des Tages zeige ich euch noch eine 3D Zusammenfassung des Projekts (generiert von Deborah Schmidt). Wir haben 7 Betazellen und deren Organellen rekonstruiert und analysiert. Morgen dann mehr zu den Ergebnissen, die auch hier zu finden sind: rupress.org/jcb/article/...
November 12, 2025 at 7:16 PM
Zum Abschluss des Tages zeige ich euch noch eine 3D Zusammenfassung des Projekts (generiert von Deborah Schmidt). Wir haben 7 Betazellen und deren Organellen rekonstruiert und analysiert. Morgen dann mehr zu den Ergebnissen, die auch hier zu finden sind: rupress.org/jcb/article/...
Wenn alles hübsch segmentiert ist, wollen wir natürlich auch noch Daten gewinnen. Z.B. wieviel Insulin in den Zellen ist und wie es verteilt ist, oder mit anderen Organellen interagiert. Dafür nutzten wir Tools, die von @helmholtzimaging.bsky.social entwickelt wurden (siehe Bild).
November 12, 2025 at 2:38 PM
Wenn alles hübsch segmentiert ist, wollen wir natürlich auch noch Daten gewinnen. Z.B. wieviel Insulin in den Zellen ist und wie es verteilt ist, oder mit anderen Organellen interagiert. Dafür nutzten wir Tools, die von @helmholtzimaging.bsky.social entwickelt wurden (siehe Bild).
Es gibt auch mittlerweile vollautomatische Tools, die mit sehr vielen Bildern von Organellen trainiert sind. Damit kann man z.B. Mitochondrien mit einem Klick segmentieren, wie hier mit empanada github.com/volume-em/em.... Man muss natürlich noch etwas korrigieren, aber das ist schon echt praktisch.
November 12, 2025 at 1:21 PM
Es gibt auch mittlerweile vollautomatische Tools, die mit sehr vielen Bildern von Organellen trainiert sind. Damit kann man z.B. Mitochondrien mit einem Klick segmentieren, wie hier mit empanada github.com/volume-em/em.... Man muss natürlich noch etwas korrigieren, aber das ist schon echt praktisch.
KI basierte Tools nehmen wir vor allen Dingen für Organellen, die zu tausenden in den Zellen vorkommen. Hier seht ihr eine Segmentierung der Insulingranula. Man muss vorher einen kleinen Teil des Datensatzes annotieren (groundtruth). Damit kann man dann ein neuronales Netzwerk trainieren.
November 12, 2025 at 12:03 PM
KI basierte Tools nehmen wir vor allen Dingen für Organellen, die zu tausenden in den Zellen vorkommen. Hier seht ihr eine Segmentierung der Insulingranula. Man muss vorher einen kleinen Teil des Datensatzes annotieren (groundtruth). Damit kann man dann ein neuronales Netzwerk trainieren.
Wir benutzen verschiedenen Methoden um die verschiedenen Bestandteile (Organellen) der Zellen zu segmentieren. Teilweise ist da manuelle Arbeit noch Teil des Workflows, aber viele Dinge werden mittlerweile KI-basiert erledigt. Welche Tools wir nehmen, kommt auch ein bisschen auf die Organellen an.
November 12, 2025 at 9:46 AM
Wir benutzen verschiedenen Methoden um die verschiedenen Bestandteile (Organellen) der Zellen zu segmentieren. Teilweise ist da manuelle Arbeit noch Teil des Workflows, aber viele Dinge werden mittlerweile KI-basiert erledigt. Welche Tools wir nehmen, kommt auch ein bisschen auf die Organellen an.
Ich bin heute leider nicht mehr dazu gekommen, aber morgen schauen wir uns an, wie man aus den schönen Bildern Daten rausbekommt. Segmentierung ist das Zauberwort.
November 11, 2025 at 7:40 PM
Ich bin heute leider nicht mehr dazu gekommen, aber morgen schauen wir uns an, wie man aus den schönen Bildern Daten rausbekommt. Segmentierung ist das Zauberwort.
Es gibt tatsächlich wunderschöne Zeichnungen von Inseln, wie hier aus dem Jahr 1911. Und die Zeichnungen von Nervenzellen von Ramon y Cajal sind natürlich mittlerweile ikonisch.
November 11, 2025 at 4:59 PM
Es gibt tatsächlich wunderschöne Zeichnungen von Inseln, wie hier aus dem Jahr 1911. Und die Zeichnungen von Nervenzellen von Ramon y Cajal sind natürlich mittlerweile ikonisch.
In den letzten beiden Posts habt ihr Fluoreszenzmikroskopiebilder gesehen. Das ist zwar cool und wir können lebende Zellen aufnehmen, aber wir sehen nur das, was wir vorher mit einem Antikörper oder leuchtendem Protein markiert haben. Mit Elektronenmikroskopie sehen wir alle Bestandteile der Zelle.
November 11, 2025 at 12:43 PM
In den letzten beiden Posts habt ihr Fluoreszenzmikroskopiebilder gesehen. Das ist zwar cool und wir können lebende Zellen aufnehmen, aber wir sehen nur das, was wir vorher mit einem Antikörper oder leuchtendem Protein markiert haben. Mit Elektronenmikroskopie sehen wir alle Bestandteile der Zelle.
Wir haben viele verschiedene Möglichkeiten die Funktion dieser Inseln zu untersuchen. Z.B. können wir die Ausschüttung von Insulin in lebenden Zellen beobachten. Das seht ihr hier. Jeder Punkt, der neu sichtbar wird, ist ein Ausschüttungs-Event
November 11, 2025 at 9:50 AM
Wir haben viele verschiedene Möglichkeiten die Funktion dieser Inseln zu untersuchen. Z.B. können wir die Ausschüttung von Insulin in lebenden Zellen beobachten. Das seht ihr hier. Jeder Punkt, der neu sichtbar wird, ist ein Ausschüttungs-Event
Paul Langerhans hat Inseln mit einem einfachen Lichtmikroskop entdeckt (aber er wusste noch nicht, wofür sie zuständig sind). Wir können heute mit Fluoreszenzmikroskopen viele Dinge entdecken: Hier seht ihr Insulin in grün, Blutgefäße in magenta und Nerven in weiß. Alles ziemlich komplex.
November 11, 2025 at 8:58 AM
Paul Langerhans hat Inseln mit einem einfachen Lichtmikroskop entdeckt (aber er wusste noch nicht, wofür sie zuständig sind). Wir können heute mit Fluoreszenzmikroskopen viele Dinge entdecken: Hier seht ihr Insulin in grün, Blutgefäße in magenta und Nerven in weiß. Alles ziemlich komplex.
Wir starten mit der ersten Seite der Doktorarbeit von Paul Langerhans, dem Entdecker der pankreatischen Inseln. Lief wohl alles nicht so rund und ich mag diesen Satz sehr: "Der einzige Zweck dieser Entstehungsgeschichte meiner Arbeit ist Motivierung und Entschuldigung ihres geringen Gehaltes."
November 11, 2025 at 7:29 AM
Wir starten mit der ersten Seite der Doktorarbeit von Paul Langerhans, dem Entdecker der pankreatischen Inseln. Lief wohl alles nicht so rund und ich mag diesen Satz sehr: "Der einzige Zweck dieser Entstehungsgeschichte meiner Arbeit ist Motivierung und Entschuldigung ihres geringen Gehaltes."
Um diese Dinge wird es diese Woche gehen: Mich interessiert, wie die insulinproduzierenden Betazellen aufgebaut sind und wie Struktur und Funktion zusammenhängen. Dabei ist der Aufbau der Insulingranula wichtig, aber auch die größeren Zusammenhänge und Interaktionen von Betazellen mit Nachbarzellen.
November 10, 2025 at 2:20 PM
Um diese Dinge wird es diese Woche gehen: Mich interessiert, wie die insulinproduzierenden Betazellen aufgebaut sind und wie Struktur und Funktion zusammenhängen. Dabei ist der Aufbau der Insulingranula wichtig, aber auch die größeren Zusammenhänge und Interaktionen von Betazellen mit Nachbarzellen.
Bis jetzt war ja alles grau. Aus diesen riesigen Datensätzen können wir 3D Modelle der Zellen erstellen. Eins davon seht ihr hier (Erstellt von meiner Kollegin Deborah Schmidt). Wie wir von den Rohdaten zu diesen 3D Abbildungen kommen, werde ich euch diese Woche zeigen.
November 10, 2025 at 12:35 PM
Bis jetzt war ja alles grau. Aus diesen riesigen Datensätzen können wir 3D Modelle der Zellen erstellen. Eins davon seht ihr hier (Erstellt von meiner Kollegin Deborah Schmidt). Wie wir von den Rohdaten zu diesen 3D Abbildungen kommen, werde ich euch diese Woche zeigen.
Hier die Antwort: Das ist ein 3D Elektronenmikroskopie Datensatz mit einer Betazelle im Zentrum. Die runden Kugeln sind Insulin, das diese Zellen massenhaft produzieren. Uns interessiert, wie Insulin hergestellt und transportiert, aber auch wie Betazellen mit ihren Nachbarzellen interagieren.
November 10, 2025 at 12:21 PM
Hier die Antwort: Das ist ein 3D Elektronenmikroskopie Datensatz mit einer Betazelle im Zentrum. Die runden Kugeln sind Insulin, das diese Zellen massenhaft produzieren. Uns interessiert, wie Insulin hergestellt und transportiert, aber auch wie Betazellen mit ihren Nachbarzellen interagieren.
Doch noch eine Frage vor dem Mittagessen: Wer von euch erkennt hier was?
November 10, 2025 at 10:25 AM
Doch noch eine Frage vor dem Mittagessen: Wer von euch erkennt hier was?
Hallo.
Ab heute bin ich dran mit viel Mikroskopie von der Bauchspeicheldrüse. Ich habe gerade meine erste Vorlesung gehalten und muss erstmal klarkommen. Nach dem Mittag gehts weiter.
Ab heute bin ich dran mit viel Mikroskopie von der Bauchspeicheldrüse. Ich habe gerade meine erste Vorlesung gehalten und muss erstmal klarkommen. Nach dem Mittag gehts weiter.
November 10, 2025 at 10:06 AM
Hallo.
Ab heute bin ich dran mit viel Mikroskopie von der Bauchspeicheldrüse. Ich habe gerade meine erste Vorlesung gehalten und muss erstmal klarkommen. Nach dem Mittag gehts weiter.
Ab heute bin ich dran mit viel Mikroskopie von der Bauchspeicheldrüse. Ich habe gerade meine erste Vorlesung gehalten und muss erstmal klarkommen. Nach dem Mittag gehts weiter.
... gilt mein Dank euch allen, den Leser:innen und Kommentierenden, die die letzte Woche so toll gemacht haben.
Eins ist sicher: so wie wir Wissenschaft brauchen, braucht Wissenschaft Leute, die sich dafür interessieren.
Habt noch einen schönen Sonntag und bis bald!
DANKE :)
Eins ist sicher: so wie wir Wissenschaft brauchen, braucht Wissenschaft Leute, die sich dafür interessieren.
Habt noch einen schönen Sonntag und bis bald!
DANKE :)
November 2, 2025 at 4:02 PM
... gilt mein Dank euch allen, den Leser:innen und Kommentierenden, die die letzte Woche so toll gemacht haben.
Eins ist sicher: so wie wir Wissenschaft brauchen, braucht Wissenschaft Leute, die sich dafür interessieren.
Habt noch einen schönen Sonntag und bis bald!
DANKE :)
Eins ist sicher: so wie wir Wissenschaft brauchen, braucht Wissenschaft Leute, die sich dafür interessieren.
Habt noch einen schönen Sonntag und bis bald!
DANKE :)
Happy Neuroween!
#neuroscience #halloween
links: Bruña et al., 2022. rechts: Mitrovska & Haufe, 2025
#neuroscience #halloween
links: Bruña et al., 2022. rechts: Mitrovska & Haufe, 2025
October 31, 2025 at 9:27 PM
Happy Neuroween!
#neuroscience #halloween
links: Bruña et al., 2022. rechts: Mitrovska & Haufe, 2025
#neuroscience #halloween
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Katzen kommen nicht in den CAT-Scanner, aber man kann ihnen EEG Kappen aufsetzen (und das ist ultrasüß)
www.sciencedirect.com/science/arti...
(Bild direkt aus dem Paper, Delsart et al., 2024)
www.sciencedirect.com/science/arti...
(Bild direkt aus dem Paper, Delsart et al., 2024)
October 31, 2025 at 12:54 PM
Katzen kommen nicht in den CAT-Scanner, aber man kann ihnen EEG Kappen aufsetzen (und das ist ultrasüß)
www.sciencedirect.com/science/arti...
(Bild direkt aus dem Paper, Delsart et al., 2024)
www.sciencedirect.com/science/arti...
(Bild direkt aus dem Paper, Delsart et al., 2024)
So kann eine funktionelle MRT Aufnahme aussehen:
Das Hirn des Hundes ist wesentlich unschärfer. Die bunten Flecken und Outlines sind später durch statistische Analysen der Daten hinzugefügt.
Bei dieser Analyse haben wir uns angeschaut, was im Hundehirn passiert, wenn der Hund gestreichelt wird 🐶💕
Das Hirn des Hundes ist wesentlich unschärfer. Die bunten Flecken und Outlines sind später durch statistische Analysen der Daten hinzugefügt.
Bei dieser Analyse haben wir uns angeschaut, was im Hundehirn passiert, wenn der Hund gestreichelt wird 🐶💕
October 30, 2025 at 1:28 PM
So kann eine funktionelle MRT Aufnahme aussehen:
Das Hirn des Hundes ist wesentlich unschärfer. Die bunten Flecken und Outlines sind später durch statistische Analysen der Daten hinzugefügt.
Bei dieser Analyse haben wir uns angeschaut, was im Hundehirn passiert, wenn der Hund gestreichelt wird 🐶💕
Das Hirn des Hundes ist wesentlich unschärfer. Die bunten Flecken und Outlines sind später durch statistische Analysen der Daten hinzugefügt.
Bei dieser Analyse haben wir uns angeschaut, was im Hundehirn passiert, wenn der Hund gestreichelt wird 🐶💕
Wer von euch hat schon Mal ein Hundegehirn gesehen?
Hier mal ein strukturelles MRT aus einem meiner Paper: link.springer.com/article/10.1... (Guran et al., 2024)
Dieses Modell basiert auf einem sogenannten Hirnatlas. Unsere funktionellen Daten sehen meist ganz anders aus ...
Hier mal ein strukturelles MRT aus einem meiner Paper: link.springer.com/article/10.1... (Guran et al., 2024)
Dieses Modell basiert auf einem sogenannten Hirnatlas. Unsere funktionellen Daten sehen meist ganz anders aus ...
October 30, 2025 at 1:28 PM
Wer von euch hat schon Mal ein Hundegehirn gesehen?
Hier mal ein strukturelles MRT aus einem meiner Paper: link.springer.com/article/10.1... (Guran et al., 2024)
Dieses Modell basiert auf einem sogenannten Hirnatlas. Unsere funktionellen Daten sehen meist ganz anders aus ...
Hier mal ein strukturelles MRT aus einem meiner Paper: link.springer.com/article/10.1... (Guran et al., 2024)
Dieses Modell basiert auf einem sogenannten Hirnatlas. Unsere funktionellen Daten sehen meist ganz anders aus ...
Mittwochssocken
October 29, 2025 at 3:36 PM
Mittwochssocken
Wo liegt der Unterschied in unserer Wahrnehmung dieser Tiere? Woran liegt es, dass ich für einen Hund vielleicht eine Chemotherapie bezahlen würde, aber lieber 80c billigere Boden- oder Käfighaltungs-Eier kaufe, und damit implizit Tierleid in Kauf nehme?
October 29, 2025 at 8:11 AM
Wo liegt der Unterschied in unserer Wahrnehmung dieser Tiere? Woran liegt es, dass ich für einen Hund vielleicht eine Chemotherapie bezahlen würde, aber lieber 80c billigere Boden- oder Käfighaltungs-Eier kaufe, und damit implizit Tierleid in Kauf nehme?
Guten Mittwoch!
Nach den erfolgreichen Pilotmessungen am Montag beginnt heute eine neue Studie für mich, die schon seit Jahren in Planung ist. Man vergisst, das Forschung manchmal sehr langsam sein kann. Im Mai 2023 habe ich den Rohgedanken dieser Studie im Lab in Wien damals vorgestellt.
Nach den erfolgreichen Pilotmessungen am Montag beginnt heute eine neue Studie für mich, die schon seit Jahren in Planung ist. Man vergisst, das Forschung manchmal sehr langsam sein kann. Im Mai 2023 habe ich den Rohgedanken dieser Studie im Lab in Wien damals vorgestellt.
October 29, 2025 at 8:11 AM
Guten Mittwoch!
Nach den erfolgreichen Pilotmessungen am Montag beginnt heute eine neue Studie für mich, die schon seit Jahren in Planung ist. Man vergisst, das Forschung manchmal sehr langsam sein kann. Im Mai 2023 habe ich den Rohgedanken dieser Studie im Lab in Wien damals vorgestellt.
Nach den erfolgreichen Pilotmessungen am Montag beginnt heute eine neue Studie für mich, die schon seit Jahren in Planung ist. Man vergisst, das Forschung manchmal sehr langsam sein kann. Im Mai 2023 habe ich den Rohgedanken dieser Studie im Lab in Wien damals vorgestellt.
Die von gestern, der Vollständigkeit halber auch noch. Wenn ich mich richtig entsinne habe ich die am Ende meines PhDs von einer Kollegin geschenkt bekommen, als ich dann nach Wien zog um mit den Hunden zu arbeiten.
October 28, 2025 at 1:39 PM
Die von gestern, der Vollständigkeit halber auch noch. Wenn ich mich richtig entsinne habe ich die am Ende meines PhDs von einer Kollegin geschenkt bekommen, als ich dann nach Wien zog um mit den Hunden zu arbeiten.