Bastien Degardins
@bdegardins.bsky.social
PhD student at @univlille.bsky.social
Graph visualisation for RNA and DNA sequences and databases
Graph visualisation for RNA and DNA sequences and databases
Reposted by Bastien Degardins
Les gens qui lisent ces articles ont déjà vu une chambre de résidence étudiante ? Je sais qu'on l'avait déjà dit pour Balkani mais l'apprentissage c'est la répétition, tout ça.
Il y a quand même une indécence stupéfiante à voir une partie de la presse se passionner soudainement pour la question des conditions carcérales… en omettant tranquillement que la majorité des détenus vit une situation de surpeuplement et d’insalubrité indigne d’une démocratie
October 21, 2025 at 6:10 AM
Les gens qui lisent ces articles ont déjà vu une chambre de résidence étudiante ? Je sais qu'on l'avait déjà dit pour Balkani mais l'apprentissage c'est la répétition, tout ça.
I was delighted to participate to @jobim2025.bsky.social. I had the chance to present Vizitig twice, during the session on data structures and algorithms, and during the mini-symposium on Pangenomics.
Many thanks to the organizers for this amazing conference !
Many thanks to the organizers for this amazing conference !
July 15, 2025 at 11:51 AM
I was delighted to participate to @jobim2025.bsky.social. I had the chance to present Vizitig twice, during the session on data structures and algorithms, and during the mini-symposium on Pangenomics.
Many thanks to the organizers for this amazing conference !
Many thanks to the organizers for this amazing conference !
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👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini !
Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.
1/2 ⤵️
Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.
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July 11, 2025 at 7:31 PM
👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini !
Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.
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Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.
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@cnrsecologie.bsky.social regrette profondément l'adoption de cette loi à la vision court-termiste & ses conséquences graves sur l’environnement, qui méprise santé & bien-être de la population & le rôle des espèces sauvages dans la prod. agricole. La communauté scientifique n'a pas été entendue.
Le Parlement a définitivement adopté mardi la proposition de loi agricole Duplomb-Menonville, comprenant entre autres une mesure décriée de réintroduction sous conditions d'un pesticide néonicotinoïde, et présentée comme une réponse à la colère agricole de 2024.
July 9, 2025 at 8:38 AM
@cnrsecologie.bsky.social regrette profondément l'adoption de cette loi à la vision court-termiste & ses conséquences graves sur l’environnement, qui méprise santé & bien-être de la population & le rôle des espèces sauvages dans la prod. agricole. La communauté scientifique n'a pas été entendue.
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Super proud that @bdegardins.bsky.social and Fiona Hak earned a Mini-symposium prize for the presentation and poster award at #JOBIM2025 🎉🏆
July 11, 2025 at 1:30 PM
Super proud that @bdegardins.bsky.social and Fiona Hak earned a Mini-symposium prize for the presentation and poster award at #JOBIM2025 🎉🏆
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Meet Hanin Ali on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Bridging gene-level and sequence-level pangenome graph to explore microbial diversity
#INRAE #MaIAGE @guigau.bsky.social #UniversiteLille #CRIStAL @camillemrcht.bsky.social
#INRAE #MaIAGE @guigau.bsky.social #UniversiteLille #CRIStAL @camillemrcht.bsky.social
July 8, 2025 at 9:50 PM
Meet Hanin Ali on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Bridging gene-level and sequence-level pangenome graph to explore microbial diversity
#INRAE #MaIAGE @guigau.bsky.social #UniversiteLille #CRIStAL @camillemrcht.bsky.social
#INRAE #MaIAGE @guigau.bsky.social #UniversiteLille #CRIStAL @camillemrcht.bsky.social
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Showing the last circRNAs we could spot
July 10, 2025 at 8:50 AM
Showing the last circRNAs we could spot
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#JOBIM2025 @bdegardins.bsky.social presents his PhD work on Vizitig, a multi sample graph exploration tool, with a focus on RNA - this afternoon we'll do a demo on pangenomes with the same tool
July 10, 2025 at 8:44 AM
#JOBIM2025 @bdegardins.bsky.social presents his PhD work on Vizitig, a multi sample graph exploration tool, with a focus on RNA - this afternoon we'll do a demo on pangenomes with the same tool
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A chance to get to know what's behind REINDEER2 and to see Vizitig in action
On day 3 our PhD students Mathilde Girard, @bdegardins.bsky.social and Yohan Hernandez Courbevoie will present in the sequence algorithms session
⌚ Les inscriptions pour #JOBIM2025 se sont clôturées ce week-end. Merci pour votre participation, et rendez-vous à Bordeaux du 8 au 11 juillet ! 🌞
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
June 18, 2025 at 7:46 AM
A chance to get to know what's behind REINDEER2 and to see Vizitig in action
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On day 3 our PhD students Mathilde Girard, @bdegardins.bsky.social and Yohan Hernandez Courbevoie will present in the sequence algorithms session
⌚ Les inscriptions pour #JOBIM2025 se sont clôturées ce week-end. Merci pour votre participation, et rendez-vous à Bordeaux du 8 au 11 juillet ! 🌞
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2025
jobim2025.labri.fr
June 18, 2025 at 7:26 AM
On day 3 our PhD students Mathilde Girard, @bdegardins.bsky.social and Yohan Hernandez Courbevoie will present in the sequence algorithms session
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⌚ Les inscriptions pour #JOBIM2025 se sont clôturées ce week-end. Merci pour votre participation, et rendez-vous à Bordeaux du 8 au 11 juillet ! 🌞
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2025
jobim2025.labri.fr
June 16, 2025 at 1:38 PM
⌚ Les inscriptions pour #JOBIM2025 se sont clôturées ce week-end. Merci pour votre participation, et rendez-vous à Bordeaux du 8 au 11 juillet ! 🌞
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
Mais avant ça, et si vous jetiez un œil au programme des communications orales ? 👀
Il est disponible sur notre site Internet ➡️ jobim2025.labri.fr
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From the same papers, this time in the FBXW4 gene 🙌🏻
June 4, 2025 at 7:38 PM
From the same papers, this time in the FBXW4 gene 🙌🏻
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Another circRNA in MAN1A2 human gene, first described in Mercer et al. 2015. I retrieved illumina data, built the graph, searched the gene in Vizitig and here it is!
June 3, 2025 at 8:21 AM
Another circRNA in MAN1A2 human gene, first described in Mercer et al. 2015. I retrieved illumina data, built the graph, searched the gene in Vizitig and here it is!
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@camillemrcht.bsky.social is back on stage to present Vizitig, an interactive visualization tool for sequencing datasets developped by @bdegardins.bsky.social
April 25, 2025 at 5:45 AM
@camillemrcht.bsky.social is back on stage to present Vizitig, an interactive visualization tool for sequencing datasets developped by @bdegardins.bsky.social
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In this (rebutted) grant proposal I wrote that I thought we could see circular RNAs with Vizitig, despite being hard to detect and with low expression. Guess what? Looks very much like a circular RNA to me 😎 (in TET2 gene, human co-assembled cancer RNA-seq samples).
May 6, 2025 at 5:49 PM
In this (rebutted) grant proposal I wrote that I thought we could see circular RNAs with Vizitig, despite being hard to detect and with low expression. Guess what? Looks very much like a circular RNA to me 😎 (in TET2 gene, human co-assembled cancer RNA-seq samples).
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Vizitig: context-rich exploration of sequencing datasets https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.04.19.649656v1
April 22, 2025 at 10:46 AM
Vizitig: context-rich exploration of sequencing datasets https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.04.19.649656v1
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5/ @bdegardins.bsky.social is the main character of the story, follow him! I'll present his work during RECOMB-Seq.
April 23, 2025 at 9:50 AM
5/ @bdegardins.bsky.social is the main character of the story, follow him! I'll present his work during RECOMB-Seq.
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1/ We made a tool called Vizitig to explore sequencing datasets visually, interactively, and with metadata.
It uses a colored de Bruijn graph under the hood.
It uses a colored de Bruijn graph under the hood.
Vizitig: context-rich exploration of sequencing datasets https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.04.19.649656v1
April 23, 2025 at 9:43 AM
1/ We made a tool called Vizitig to explore sequencing datasets visually, interactively, and with metadata.
It uses a colored de Bruijn graph under the hood.
It uses a colored de Bruijn graph under the hood.
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Job offers: 1 funded PhD position and 1 postdoc in computational genomics between Univ Lille and Helsinki Uni, details: kamimrcht.github.io/webpage/jobs.html we're looking for candidates, please share 🙏🏻
PhD and Postdoc in computational genomics
CRIStAL, CNRS, Université de Lille
kamimrcht.github.io
March 28, 2025 at 9:06 AM
Job offers: 1 funded PhD position and 1 postdoc in computational genomics between Univ Lille and Helsinki Uni, details: kamimrcht.github.io/webpage/jobs.html we're looking for candidates, please share 🙏🏻
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@bdegardins.bsky.social added a cool features allowing to display bars that indicate abundances levels. It's our own sashimi plots. In a zoomed-in region, they help forming an opinion on whether a local variant is something worth digging or not
March 26, 2025 at 8:39 PM
@bdegardins.bsky.social added a cool features allowing to display bars that indicate abundances levels. It's our own sashimi plots. In a zoomed-in region, they help forming an opinion on whether a local variant is something worth digging or not
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Playing with #vizitig again to prepare for the 1.0 release. This is the SNAP25 human gene expressed in 3 SRA datasets linked to cancers.
Exons have one color each, and exon junctions are in yellow.
The rest is new/noise.
Exons have one color each, and exon junctions are in yellow.
The rest is new/noise.
March 26, 2025 at 8:33 PM
Playing with #vizitig again to prepare for the 1.0 release. This is the SNAP25 human gene expressed in 3 SRA datasets linked to cancers.
Exons have one color each, and exon junctions are in yellow.
The rest is new/noise.
Exons have one color each, and exon junctions are in yellow.
The rest is new/noise.
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How helpful is a de Bruijn graph for visualizing alternative RNA variants? Here I requested our graph visualization tool Vizitig to show me the CIC human gene in my data (3 RNA-seq samples). I connected sequences to known genes using an annotation and colored CIC's exons in different tints.
January 16, 2025 at 9:00 PM
How helpful is a de Bruijn graph for visualizing alternative RNA variants? Here I requested our graph visualization tool Vizitig to show me the CIC human gene in my data (3 RNA-seq samples). I connected sequences to known genes using an annotation and colored CIC's exons in different tints.